雞FADS2基因3’UTR區(qū)多態(tài)性檢測及其與經(jīng)濟(jì)性狀關(guān)聯(lián)性分析.pdf

1、△6-脂肪酸脫氫酶基因(FADS2)是生成ω-3系和ω-6系多不飽和脂肪酸的限速酶，屬于脂肪酸脫氫酶基因(FADS)家族成員。多不飽和脂肪酸決定細(xì)胞膜的流動(dòng)性，能夠促進(jìn)動(dòng)物生長發(fā)育，提高動(dòng)物的產(chǎn)仔率和成活率，提高肉質(zhì)風(fēng)味，調(diào)節(jié)脂類代謝等。對(duì)于禽類，多不飽和脂肪酸含量是影響雞肉風(fēng)味的重要物質(zhì)，通過克隆雞的FADS2基因，我們發(fā)現(xiàn)禽類FADS2基因包含13個(gè)外顯子，而人類為12個(gè)外顯子，與哺乳動(dòng)物的最大區(qū)別就是在其3’UTR區(qū)，在第12與1

2、3外顯子中間插入一個(gè)內(nèi)含子，而3’UTR區(qū)與mRNA的穩(wěn)定性和mRNA的降解速率有很大的聯(lián)系。有關(guān)雞FADS2基因3’UTR區(qū)遺傳變異的研究目前尚未見報(bào)道。因此，本研究在前期工作的基礎(chǔ)上，首次對(duì)雞FADS2基因3’UTR區(qū)的遺傳變異進(jìn)行了分析。首先選取固始雞安卡雞F2代資源群72只雞的血樣，構(gòu)建混合DNA池，通過測序的方法，對(duì)雞的FADS2基因3’UTR區(qū)變異位點(diǎn)進(jìn)行篩選；同時(shí)通過生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)FADS2基因3’UTR區(qū)存在一個(gè)微

3、衛(wèi)星變異。在此基礎(chǔ)上，應(yīng)用PCR-RFLP和PCR-SSCP技術(shù)，對(duì)849只雞FADS2基因3’UTR區(qū)的5個(gè)SNP位點(diǎn)A240G、G322C、G3840A、T1167C和T192C以及微衛(wèi)星位點(diǎn)進(jìn)行群體遺傳學(xué)分析，并用SPSS16.0分析這6個(gè)變異位點(diǎn)對(duì)雞經(jīng)濟(jì)性狀的影響。主要研究結(jié)果如下：
　　 (1)應(yīng)用固始雞安卡雞F2代資源群構(gòu)建DNA池，通過測序，發(fā)現(xiàn)3’UTR區(qū)存在25個(gè)多態(tài)位點(diǎn)。通過在GeneBank上搜索最新的雞的

4、3’UTR序列，通過軟件DNAMAN對(duì)所查詢的片段進(jìn)行比對(duì)分析，發(fā)現(xiàn)在所克隆的雞的3’UTR之后存在一個(gè)微衛(wèi)星重復(fù)。
　　 (2)以雞的3’UTR測序結(jié)果為基礎(chǔ)，應(yīng)用PCR-RFLP技術(shù)首次檢測5個(gè)SNP位點(diǎn)A240G、G322C、G840A、T1167C和T192C，測序結(jié)果表明5個(gè)SNP位點(diǎn)分別為A/G突變、G/C突變、G/A突變、T/C突變和T/C突變。5個(gè)位點(diǎn)都有2個(gè)等位基因，3種基因型。遺傳變異分析發(fā)現(xiàn)，A240G位點(diǎn)

5、G是優(yōu)勢等位基因(0.68)，優(yōu)勢基因型為AG型(0.56)，多態(tài)信息含草(PIC)、雜合度(He)、有效等位基因數(shù)(Ne)分別為0.34、0.44、1.77，屬中度多態(tài)。G322C位點(diǎn)C是優(yōu)勢等位基因(0.68)，優(yōu)勢基因型為GC型(0.56)，PIC、He、Ne分別為0.34、0.43、1.76，屬中度多態(tài)。T840A位點(diǎn)A為優(yōu)勢等位基因(0.68)，優(yōu)勢基因型為AA型(0.46)，PIC、He、Ne分別為0.34、0.44、1.7

6、7，屬中度多態(tài)。T1167C位點(diǎn)C為優(yōu)勢等位基因(0.58)，優(yōu)勢基因型為TC型(0.63)，PIC、He、Ne分別為0.37、0.49、1.95，屬中度多態(tài)。T192C位點(diǎn)C為優(yōu)勢等位基因(0.66)，優(yōu)勢基因型為TC型(0.51)，PIC、He、Ne分別為0.35、0.49、1.81，屬中度多態(tài)。
　　 (3)應(yīng)用PCR-SSCP技術(shù)首次檢測通過分析所得的微衛(wèi)星，測序結(jié)果表明此微衛(wèi)星有2個(gè)等位基因，2種基因型。遺傳變異分析發(fā)

7、現(xiàn)，微衛(wèi)星變異位點(diǎn)A為(0.96)，優(yōu)勢基因型為AA型(0.91)，PIC、He、Ne分別為0.08、0.08、1.09，屬低度多態(tài)。
　　 (4)把檢測到的5個(gè)SNP位點(diǎn)以及微衛(wèi)星與經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明，G322C與經(jīng)濟(jì)性狀表現(xiàn)差異不顯著，A240G位點(diǎn)突變與肝臟重、γ-谷氨酰轉(zhuǎn)肽酶、堿性磷酸酶、乳酸脫氫酶、C14:0、C17:0和C22:3顯著相關(guān)，T840A位點(diǎn)突變與肝臟重和腿肌剪切力顯著相關(guān)，T116

8、7位點(diǎn)突變與屠體重、心臟重、肝臟重和胸肌剪切力顯著相關(guān)，T192C位點(diǎn)突變與心臟重、脾臟重、腿肌剪切力、胸肌剪切力、低密度脂蛋白和C20:1顯著相關(guān)。微衛(wèi)星位點(diǎn)與屠體性狀中的心臟重和胸肌重顯著相關(guān)，呈現(xiàn)出AA型>AB型的規(guī)律，表明AA型個(gè)體為優(yōu)勢基因型，此位點(diǎn)對(duì)雞的肉質(zhì)性狀、血清生化指標(biāo)及肌肉脂肪酸含量沒有顯著的效應(yīng)。
　　 基于以上結(jié)果，可得出如下結(jié)論：
　　 (1)對(duì)雞的3’UTR進(jìn)行測序和生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)了25