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1、01assIfledndexSouthwestUnversityofSoienceandTechnoIogyMasterDegreeThesisCIoningBi0informatjonAnaIysiSandTissueExpressionofCCoAOMTCOMTandCADGenefromNeosinocalamus日f#inisGrade:2009Candidate:XiaoyuWuAcademicDegreeAppIedorMa
2、steoSpeeaIity:BotanySupervisorShangIanHu西南科技大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文第1頁摘要竹漿造紙中竹木質(zhì)素的脫除,不但污染環(huán)境,而且提高了造紙成本,因此,用基因工程手段培育新型竹材己成為當(dāng)今國內(nèi)外的研究熱點(diǎn)。目前,在己知竹漿用竹種中,只從綠竹和毛竹中克隆得到木質(zhì)素合成酶基因CCoAO#TCOHT和CAD,而慈竹中未見報(bào)道。為此,本研究以纖維質(zhì)量好的慈竹為研究材料,采用RACE技術(shù)克隆和同源克隆CCoAOM
3、TCOMT和d口基因,并對其進(jìn)行生物信息學(xué)和組織表達(dá)分析,為CCoAOMTCOMT和酬口基因在大型叢生竹遺傳改良中的應(yīng)用提供理論依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:i采用Race技術(shù)克隆井獲得了一個(gè)慈竹木質(zhì)素臺成酶CCoAOMT基因全長序列(GenBank注冊號為JF742462),命名為%jCCoAOMTI:COYT基因全長序列(GenBank登錄號為iN837484),命名為AjCOgT;CAD基因的保守區(qū)及其3’RACEeDNA。2生物信息學(xué)
4、分析結(jié)果表明,慈竹CCoAOMT基因eDNA全長序列,全長為i051bpt含有一個(gè)777bp的讀碼框,編碼個(gè)包含258個(gè)氨基酸的蛋白質(zhì),分子量約為28861kD,等電點(diǎn)為533,二級結(jié)構(gòu)中Ⅱ螺旋占4225%,B一轉(zhuǎn)角占891%,延伸鏈占1589%、無規(guī)卷曲占3295%。氨基酸多序列比對結(jié)果表明,慈竹與綠竹的CCoAOMTI基因親緣關(guān)系最近,但慈竹CCoA刪瑾因編碼的氨基酸與綠竹相比,在第十位點(diǎn)上發(fā)生了缺失,5個(gè)位點(diǎn)發(fā)生了變異。慈竹、綠竹
5、、毛竹、玉米CCo40M瑾因編碼的氨基酸中部含有1個(gè)相對保守的無序化區(qū)域。慈竹COMT基因eDNA全長序列為1378bp,其編碼一個(gè)包含360氨基酸的蛋白,分子量約為389741kD,理論等電點(diǎn)為538。預(yù)測其氨基酸序列包含29個(gè)酸性殘基(AspGIu),41個(gè)堿性殘基(ArgLys),總親水性平均系數(shù)0079。其中176個(gè)氨基酸可能形成a一螺旋,32個(gè)氨基酸可能形成B轉(zhuǎn)角,49個(gè)氨基酸可能形成延伸鏈,103個(gè)氨基酸可能形成無規(guī)卷曲。多
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