豬不同肌纖維類型骨骼肌的基因組表達(dá)譜差異.pdf

1、本研究選用中國(guó)肉質(zhì)優(yōu)良的脂肪型地方品種榮昌豬和肉質(zhì)相對(duì)較差的瘦肉型國(guó)外引入品種長(zhǎng)白豬為動(dòng)物模型，采用Agilent商業(yè)化的全基因組芯片檢測(cè)了在相同飼養(yǎng)條件下（7月齡）背最長(zhǎng)肌和腰大肌中相關(guān)基因的差異表達(dá)，探討在豬生長(zhǎng)發(fā)育后期過(guò)程中肌纖維類型和相關(guān)基因的表達(dá)差異及品種特點(diǎn)。
　　 ①M(fèi)yHC家族基因的差異表達(dá)與肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)性分析結(jié)果顯示：長(zhǎng)白豬的MyHCHbmRNA表達(dá)量在混合性別效應(yīng)的背最長(zhǎng)肌和腰大肌中均極顯著的高于榮昌豬（P

2、＜0.01）。同時(shí)MyHCHbmRNA表達(dá)量與pH2之間呈極顯著負(fù)相關(guān)（P＜0.01），與貯存損失成極顯著正相關(guān)(P＜0.01），顯示出肉質(zhì)較差的特性。
　　 ②差異表達(dá)，聚類和主成份分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間，品種內(nèi)組織內(nèi)性別間和性別內(nèi)組織內(nèi)品種間平均存在1,180,833和1,798個(gè)差異基因，表明品種＞組織＞性別差異。對(duì)8類組織中的差異基因聚類發(fā)現(xiàn)基因可以聚為11大類，而組織聚為4大類。主成份分析發(fā)現(xiàn)第一主成份的差

3、異表達(dá)基因的模式為主要表達(dá)模式，即8類組織之間的差異基因存在著相似的表達(dá)模式。
　　 ③T檢驗(yàn)得到差異基因的Go分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間，品種內(nèi)組織內(nèi)性別間和性別內(nèi)組織內(nèi)品種間以及在混合性別的組織效應(yīng)和品種效應(yīng)中，共發(fā)現(xiàn)了34,12,15,15和7個(gè)與組織、品種、性別類型存在差異的GO，主要集中在糖酵解，骨骼肌系統(tǒng)形態(tài)學(xué)發(fā)生，ATP代謝過(guò)程，電子傳遞鏈等方面；表明大量的GO存在于組織＞品種＞性別之間，也可以看出背最長(zhǎng)肌

4、和腰大肌作為兩種代謝類型的極端代表之間存在著生物學(xué)過(guò)程差異。
　　 ④T檢驗(yàn)得到差異基因的GSEA分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間，品種內(nèi)組織內(nèi)性別間和性別內(nèi)組織內(nèi)品種間以及在混合性別的組織效應(yīng)和品種效應(yīng)中分別發(fā)現(xiàn)了18,13和2,13和1個(gè)顯著的Pathway途徑，主要集中在氧化磷酸化和與免疫學(xué)相關(guān)以及信號(hào)傳導(dǎo)等途徑，表明大量的Pathway存在于組織＞性別＞品種之間，可以看出兩種肌肉組織在參與能量代謝的同時(shí)，在參與體內(nèi)免疫

5、學(xué)相關(guān)的通路中也同樣具有很活躍的功能。
　　 ⑤GSEA篩選出來(lái)的差異基因分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間，品種內(nèi)組織內(nèi)性別間和性別內(nèi)組織內(nèi)品種間的交集中，分別發(fā)現(xiàn)了5(PIK3R5,PLA2G1B,SLA-DQA1,CD86和CAMK2D),2(PLA2G1B和ABAT)和1(CTH)個(gè)差異基因，表明這些基因在生物學(xué)通路中的重要作用。
　　 ⑥染色體富集分析結(jié)果顯示：在品種內(nèi)性別內(nèi)組織間的交集中，共發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)倍數(shù)比

6、較高（千倍以上）的基因主要集中在6,7,9,13,14號(hào)染色體上；在品種內(nèi)組織內(nèi)性別間的交集中，主要集中在1,2,9,14,15號(hào)染色體上，性別內(nèi)組織內(nèi)品種間的交集中，主要集中在5,13,14號(hào)染色體上。
　　 ⑦芯片數(shù)據(jù)可靠性驗(yàn)證的結(jié)果顯示：對(duì)芯片內(nèi)部變異程度的評(píng)價(jià)分析表明，變異系數(shù)范圍為3.40％～10.01％，低于C.V15％的標(biāo)準(zhǔn)，同時(shí)qRT-PCR技術(shù)對(duì)芯片數(shù)據(jù)結(jié)果的驗(yàn)證顯示，兩種技術(shù)之間的相關(guān)系數(shù)為0.718±0.1