侵染梨的一種新的Emaravirus屬病毒鑒定及特性研究.pdf

1、小RNA深度測(cè)序技術(shù)及生物信息學(xué)分析為發(fā)現(xiàn)新病毒提供了一種手段。本研究從田間調(diào)查發(fā)現(xiàn)梨植株葉片出現(xiàn)了嚴(yán)重的褪綠斑點(diǎn)和環(huán)斑癥狀。為明確該侵染梨的病毒，采用小RNA測(cè)序結(jié)合RT-PCR對(duì)該病毒進(jìn)行了鑒定，發(fā)現(xiàn)了一種新的歐洲山梣環(huán)斑病毒屬（Emaravirus）病毒。暫時(shí)將此病毒命名為梨褪綠葉斑伴隨病毒PCLSaV（Pear chlorotic leaf spot-associated virus）。研究結(jié)果如下:
　　1.PCLSaV

2、為多分段單鏈RNA病毒，基因組由5條RNA鏈組成。RNA1-RNA5大小分別為7100nt、2045nt、1296nt、1543nt和1263nt。每條基因組RNA鏈的互補(bǔ)鏈包含一個(gè)開(kāi)放閱讀框(ORF)，編碼蛋白p1～p5，依次為依賴(lài)RNA的RNA聚合酶(RdRp)、糖蛋白(GP)和外殼蛋白(CP)，運(yùn)動(dòng)蛋白(MP)和未知功能的蛋白p5。該病毒的RdRp有5個(gè)結(jié)構(gòu)域(motif A-E)，在Emaravirus屬和布尼亞病毒目（Buny

3、avirales）的病毒中保守。PCLSaV基因組結(jié)構(gòu)與Emaravirus屬病毒相似，RdRp的氨基酸序列與PPSMV-2相似性最高，為31.5％;糖蛋白前體的氨基酸序列與WMoV相似性最高，為20.3％; CP的氨基酸序列與RLBV相似性最高，為22.2％;MP的氨基酸序列與RLBV相似性最高，為22.9％; p5蛋白的氨基酸序列與WMoV的p7相似性最高，為20.6％?；谠摬《镜膒1-p3蛋白的氨基酸序列及布尼亞病毒目不同科的代

4、表種相應(yīng)蛋白序列的進(jìn)化樹(shù)分析結(jié)果，PCLSaV與Emaravirus屬病毒聚在同一分支。這些結(jié)果表明，PCLSaV為Emaravirus屬的一個(gè)新種。
　　2.根據(jù)PCLSaV的RNA3與RNA5設(shè)計(jì)了兩對(duì)特異性引物，采用RT-PCR技術(shù)，對(duì)江西及湖北兩省的286株梨樹(shù)進(jìn)行了PCLSaV的檢測(cè)，其中165株帶褪綠斑點(diǎn)及環(huán)斑癥狀的樣品檢測(cè)的PCLSaV檢出率為98.9％，無(wú)明顯病毒癥狀的121株梨樹(shù)中有3株P(guān)CLSaV檢測(cè)為陽(yáng)性。檢