白菜染色體特異性SSR分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā).pdf

1、本研究以國(guó)際蕓薹屬基因組計(jì)劃（MBGP）已公布的509條白菜BAC的DNA序列為研究對(duì)象，搜索其中的SSR位點(diǎn)，開(kāi)發(fā)了SSR分子標(biāo)記，并以No．2127-17和ZY821的88個(gè)DH株系為作圖群體，利用所開(kāi)發(fā)的SSR標(biāo)記構(gòu)建了甘藍(lán)型油菜油菜遺傳連鎖圖，并將該圖譜與白菜標(biāo)準(zhǔn)圖譜進(jìn)行了比較分析。主要結(jié)果如下：
　　 1．對(duì)509條白菜“種子”BAC的DNA序列進(jìn)行SSR位點(diǎn)搜索，共檢出29，671個(gè)SSR。在509個(gè)白菜BAC中，單

2、個(gè)BAC中搜索出的SSR數(shù)目在7-134之間。長(zhǎng)度大于或等于20 bp的Ⅰ類(lèi)SSR占13.2％，平均每15.5 kb有一個(gè)Ⅰ類(lèi)SSR。長(zhǎng)度在12 bp-20 bp之間的Ⅱ類(lèi)SSR占86.8％，平均每2.4 kb有一個(gè)Ⅱ類(lèi)SSR。這些SSR包括一至五核苷酸重復(fù)類(lèi)型，其中，一至三核苷酸重復(fù)類(lèi)型的SSR數(shù)目最多。單核苷酸重復(fù)中，（A）n的出現(xiàn)頻率遠(yuǎn)大于（G）n。4種二核苷酸重復(fù)基元中，（AT）n出現(xiàn)頻率最高，其次是（AG）n，（AC）n和（C

3、G）n出現(xiàn)頻率很低。在10種三核苷酸重復(fù)基元中，（AAG）n出現(xiàn)頻率最高。四、五核苷酸重復(fù)基元種類(lèi)多，分布散，出現(xiàn)頻率均較低，其中（AAAN）n和（AAAAN）n出現(xiàn)頻率顯著高于其他重復(fù)基元。
　　 2．在開(kāi)發(fā)SSR標(biāo)記時(shí)，為均勻覆蓋白菜基因組，每個(gè)BAC只開(kāi)發(fā)1-2個(gè)SSR標(biāo)記，總共開(kāi)發(fā)了788個(gè)SSR標(biāo)記，命名為“BrGMS”。其中，二核苷酸重復(fù)類(lèi)型數(shù)目最多，其次是三核苷酸重復(fù)類(lèi)型。用6個(gè)甘藍(lán)型油菜品種檢測(cè)了788對(duì)BrGM

4、S引物的擴(kuò)增效率和多態(tài)性。其中有692對(duì)引物可以在兩個(gè)以上的親本中成功擴(kuò)增，有357對(duì)引物在至少2個(gè)親本間表現(xiàn)出多態(tài)性。四核苷酸重復(fù)類(lèi)型SSR引物的擴(kuò)增效率和多態(tài)性比例均為最高。不同重復(fù)基元SSR引物的擴(kuò)增效率和多態(tài)性差異較大。二核苷酸重復(fù)基元中，（AC）n重復(fù)的擴(kuò)增效率最高，（AG）n的多態(tài)性最高。三核苷酸重復(fù)基元中，擴(kuò)增效率較高的是（AGG）n、（ATG）n和（AAG）n，GC含量豐富的重復(fù)基元擴(kuò)增效率較低，但其多態(tài)性較高。

5、　　 3．用150對(duì)在No．2127-17和ZY821間有多態(tài)性的BrGMS引物分析DH群體基因型，共檢測(cè)到115個(gè)可統(tǒng)計(jì)的標(biāo)記位點(diǎn)，另外用已發(fā)表的222對(duì)SSR引物在DH群體中檢測(cè)到了294個(gè)標(biāo)記位點(diǎn)。應(yīng)用JoinMap3.0軟件對(duì)這409個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行連鎖分析，構(gòu)建了一張包含19個(gè)連鎖群、共329個(gè)位點(diǎn)（265個(gè)標(biāo)記）的甘藍(lán)型油萊遺傳圖，連鎖圖總長(zhǎng)1731.6 cM，標(biāo)記間平均圖距為5.3 cM，不同連鎖群長(zhǎng)度變動(dòng)范圍在45.4 cM

6、-187.5 cM之間，各連鎖群上標(biāo)記位點(diǎn)數(shù)介于5-39之間。
　　 4．在定位的105個(gè)BrGMS標(biāo)記位點(diǎn)，有85個(gè)位點(diǎn)分布在甘藍(lán)型油菜的A基因組中，20個(gè)定位在C基因組中。根據(jù)BAC物理圖可以推斷出80個(gè)BrGMS標(biāo)記所在染色體，其中大部分BrGMS標(biāo)記定位在其BAC克隆來(lái)源的染色體上。將此連鎖圖與MBGP公布的白菜標(biāo)準(zhǔn)圖譜進(jìn)行了比較，A1-A10連鎖群與白菜的A01-A10具有很好的同線性關(guān)系，A1-A10連鎖群上大多數(shù)B