高丹草EST-SSR引物設(shè)計(jì)及遺傳圖譜的構(gòu)建.pdf

1、高丹草是高梁和蘇丹草的雜交種（Sorghum bicolor×S． Sudanense），是以利用莖葉為主的一年生禾本科牧草。高丹草結(jié)合了雙親的優(yōu)點(diǎn)，表現(xiàn)出了顯著的種間雜種優(yōu)勢(shì)，在畜牧、水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)及資源利用與環(huán)境保護(hù)上有著廣闊的應(yīng)用前景。
　　 本研究以高粱EST的數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，設(shè)計(jì)了103對(duì)EST-SSR引物，并分析了影響引物多態(tài)性的因素；以TX623A× S722（皖草2號(hào)）的F2群體為作圖群體，選取已公布的高粱SSR引物和自

2、行設(shè)計(jì)的EST-SSR引物，構(gòu)建了高丹草分子遺傳圖譜，并同Bhattramakki等和Wu等構(gòu)建的高粱遺傳圖譜進(jìn)行了比較。得出如下結(jié)論：
　　 1.103對(duì)EST-SSR引物在高粱品種TX623A和蘇丹草品種S722進(jìn)行了PCR擴(kuò)增和多態(tài)性檢測(cè)，結(jié)果表明，80對(duì)引物同時(shí)在兩品種中擴(kuò)出了條帶，其中達(dá)到預(yù)期產(chǎn)物大小的引物69對(duì)；20對(duì)引物表現(xiàn)出多態(tài)性；9對(duì)引物只在高粱TX623A中擴(kuò)出了條帶；14對(duì)引物未在兩品種中擴(kuò)出產(chǎn)物。BLAS

3、T結(jié)果表明，103對(duì)EST-SSR引物中的90對(duì)引物都能唯一定位到高粱染色體的特定位置上，表現(xiàn)出很好的特異性。
　　 2．多態(tài)性分析結(jié)果表明，來(lái)自二重復(fù)基元序列的EST-SSR引物多態(tài)性最高（22.4％），其次是來(lái)自三重復(fù)基元的引物（13.5％），來(lái)自四重復(fù)基元的引物中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)多態(tài)性引物；來(lái)自SSR長(zhǎng)度大于20bp的EST序列的引物有很高的多態(tài)性（23.4％），明顯高于SSR長(zhǎng)度介于14bp和20bp之間的EST序列設(shè)計(jì)的引物（

4、12.8％）。
　　 3．構(gòu)建了一個(gè)包含5個(gè)連鎖群，51個(gè)標(biāo)記的遺傳圖譜，覆蓋基因組長(zhǎng)度527.0cM，平均圖距10.3cM。其中，LG A包含了22個(gè)標(biāo)記；LG B包含14個(gè)標(biāo)記；LG C包含5個(gè)標(biāo)記；LG D和LG E分別包含7個(gè)和3個(gè)標(biāo)記。遺傳距離最長(zhǎng)的連鎖群是LG A為227.4cM，最小的是連鎖群LG E為4.1cM。平均圖距最大的是連鎖群LGB為14.8cM，最小的是連鎖群LG E為1.4cM。
　　 4．同