一組新的桉樹EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及遺傳圖譜的整合.pdf

1、目前桉屬中EST-SSR標(biāo)記還比較少，本研究利用從GenBank中下載的桉屬EST序列，經(jīng)過序列拼接，共新合成引物266對(duì)，利用尾葉桉×細(xì)葉桉作圖群體的P2對(duì)新合成的引物進(jìn)行PCR條件優(yōu)化，其中203對(duì)有PCR產(chǎn)物。此外，何旭東(2010)優(yōu)化好的但通過直接測(cè)序未完成EST-SSR標(biāo)記開發(fā)的420對(duì)引物一起用于本研究實(shí)驗(yàn)中。
　　PCR篩選成功的623個(gè)EST-SSR進(jìn)行混合克隆測(cè)序，389對(duì)引物測(cè)序序列較好。測(cè)序結(jié)果與源EST序

2、列各自比對(duì)，295對(duì)引物成功測(cè)序并含有SSR，94對(duì)引物經(jīng)測(cè)序確認(rèn)存在PCR誤擴(kuò)增現(xiàn)象。
　　將新開發(fā)EST-SSR標(biāo)記對(duì)應(yīng)的EST用BlastX程序?qū)ζ溥M(jìn)行基因功能注釋上的非冗余蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行同源比對(duì)分析。在E值　　利用295對(duì)新開發(fā)的標(biāo)記檢驗(yàn)桉屬不

3、同亞屬的通用性情況表明，273個(gè)標(biāo)記有效地檢測(cè)到等位基因并得到1958個(gè)等位片段。258個(gè)有多態(tài)性的EST-SSR標(biāo)記其觀測(cè)雜合度(Ho)平均值為0.4118，變化范圍為0-1；期望雜合度(He)變化范圍為0.0417至0.9477，平均為0.6331；多態(tài)性信息含量(PIC)從0.04到0.6234不等。
　　273個(gè)標(biāo)記中，有148個(gè)在作圖群體的132個(gè)子代中有分離，結(jié)合前期已進(jìn)行桉樹遺傳作圖的STS標(biāo)記，利用Mapmaker