簕竹屬和牡竹屬遺傳多樣性的EST-SSR和SRAP分析.pdf

1、本研究利用EST-SSR和SRAP兩種分子標(biāo)記技術(shù),對(duì)我國(guó)簕竹屬和牡竹屬的45個(gè)竹種或變型進(jìn)行基因組多態(tài)性分析,在DPS9.5軟件中,統(tǒng)計(jì)擴(kuò)增產(chǎn)物來(lái)計(jì)算Jaccard遺傳距離,以NeiLi最短距離法建立聚類分析圖,主要結(jié)果如下:
　　 以毛竹葉片DNA為模板,利用均勻設(shè)計(jì)對(duì)毛竹EST-SSRPCR反應(yīng)體系進(jìn)行優(yōu)化篩選,最終確立了毛竹EST-SSRPCR最佳反應(yīng)體系,即:10xPCRbuffer(含Mg2+)2.5μl,TaqDN

2、A聚合酶1.5U,Mg2+1.OmM,dNTPs0.lmM,andprimer0.48μM通過(guò)梯度PCR篩選得到相應(yīng)引物的最佳退火溫度為52.4℃。對(duì)優(yōu)化出的EST-SSRPCR反應(yīng)體系進(jìn)行穩(wěn)定性檢測(cè),結(jié)果均能獲得豐富、穩(wěn)定、清晰可辨的DNA譜帶。
　　 對(duì)來(lái)源于NCBI的非冗余3087條毛竹EST進(jìn)行SSR搜索發(fā)現(xiàn):401條毛竹EST中共查找到408個(gè)SSR位點(diǎn),平均6.8kbEST序列中含1個(gè)SSR,其中二核苷酸(43.14

3、％)和三核苷酸重復(fù)(49.75％)是主要類型,最常見(jiàn)的重復(fù)基序是(AG)n,占37.01％,當(dāng)SSR長(zhǎng)度等于18bp時(shí),所檢測(cè)到的SSR數(shù)量最多,達(dá)140條。根據(jù)搜索結(jié)果設(shè)計(jì)了182條毛竹EST-SSR引物,對(duì)引物進(jìn)行了穩(wěn)定性、通用性的驗(yàn)證與評(píng)價(jià),其中39對(duì)引物存在多態(tài)性。依據(jù)擴(kuò)增結(jié)果進(jìn)行遺傳相似性分析,聚類結(jié)果與形態(tài)學(xué)分類基本一致,說(shuō)明從毛竹中開(kāi)發(fā)的EST-SSR標(biāo)記可用于竹子種內(nèi)或種間的SSR標(biāo)記分析,研究竹類種質(zhì)資源遺傳多樣性。<

4、br>　　 25對(duì)EST-SSR引物用于45份簕竹屬和牡竹屬DNA樣品的擴(kuò)增,共擴(kuò)出203條清晰重復(fù)性好的條帶,平均每個(gè)引物擴(kuò)增的位點(diǎn)數(shù)為8,其中166個(gè)位點(diǎn)具有多態(tài)性,多態(tài)性位點(diǎn)百分率(PPB)為81.77％,平均遺傳距離為0.4901,遺傳幅度為0.1017-0.7931。綜合多態(tài)性譜帶得到45份所選竹種的分子標(biāo)記檢索表,為竹種親緣關(guān)系鑒定提供了分子方面的理論基礎(chǔ)。同樣10對(duì)SRAP引物擴(kuò)出53條譜帶,多集中在250-500bp,

5、平均每個(gè)引物擴(kuò)增的位點(diǎn)數(shù)為5,其中37個(gè)位點(diǎn)具有多態(tài)性,多態(tài)性位點(diǎn)百分率(PPB)為69.8％,平均遺傳距離為0.4331,遺傳幅度為0.1017-0.8817,以上數(shù)據(jù)初步表明筋竹屬和牡竹屬竹種在DNA分子水平上遺傳多樣性豐富。
　　 簕竹屬與牡竹屬間具有爭(zhēng)議竹種的聚類結(jié)果如下:慈竹在遺傳距離為0.4750處與大琴絲竹聚在一起后,又在遺傳距離0.7822處與簕竹屬的其他竹種聚為一類。綠竹在遺傳距離0.7704處與牡竹屬的其他竹