全基因組短柄草核心啟動子預(yù)測中的模體發(fā)現(xiàn)研究.pdf

1、近年來，隨著高通量生物測序技術(shù)的飛速發(fā)展，至今已有超過三百種植物和動物基因組完成了測序工作。盡管這些年來生物信息學(xué)的研究已經(jīng)取得一些突破，但是人們還遠遠沒有掌握這些已測序生物的生理功能。所以科研人員將關(guān)注點放在了識別這些基因組的功能序列元件上，因為一旦這些功能序列元件被掌握，生物的生長、進化、疾病等生理過程也就能夠被更深入地了解。而被轉(zhuǎn)錄因子所識別的順式調(diào)控結(jié)合位點（又叫做模體）正是在基因表達過程中起關(guān)鍵作用的元件。因此，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位

2、點模體發(fā)現(xiàn)問題成為生物信息學(xué)中的熱點問題。
　　2001年短柄草第一次被提出建議作為模式生物來研究，2010年短柄草基因組測序完畢，實踐證明，短柄草在基因規(guī)模和植物特性方面都適合作為新的模式生物來研究。
　　在以上研究背景下，本文提出了一種新的研究思路和方法，以短柄草全基因組范圍內(nèi)的核心啟動子為主要研究對象，以水稻、高粱、玉米、狗尾草、擬南芥為參考基因組，進行了模體發(fā)現(xiàn)研究。在本文的研究方法中，對傳統(tǒng)的BLAST計算同源基因