黃瓜AGO,RDR,DCL基因的序列特征分析及表達(dá)研究.pdf

1、黃瓜（Cucumis sativus L.）是我國主要的蔬菜作物，也是世界上十大蔬菜之一。DCL、AGO和RDR蛋白，在基因轉(zhuǎn)錄后表達(dá)的調(diào)控方面起著非常重要的作用。AGO、RDR和DCL蛋白包含能夠引發(fā)RNA沉默的核心組件。本研究對CsAGOs、CsRDRs和CsDCLs基因進(jìn)行全基因組生物信息學(xué)分析，包括CsAGOs、CsRDRs和CsDCLs蛋白的基本信息（長度、分子量、等電點等）及染色體定位；結(jié)構(gòu)域分布；保守基序比較分析；基因結(jié)構(gòu)

2、分析；基因環(huán)境選擇壓力分析；基因表達(dá)模式熱圖分析；基因的系統(tǒng)進(jìn)化分析。同時，對逆境脅迫下CsAGOs、CsRDRs和CsDCLs的表達(dá)模式進(jìn)行分析。結(jié)果表明：
　　1.黃瓜基因組中共有7個CsAGOs、8個CsRDRs以及5個CsDCLs基因，這些基因分布在黃瓜6條染色體上，但在染色體上的分布是不均勻的。大部分CsAGOs蛋白包含DUF，PAZ和Piwi三個結(jié)構(gòu)域，大部分CsDCLs蛋白包含6個結(jié)構(gòu)域，而所有的CsRDRs蛋白都包

3、含RdRP結(jié)構(gòu)域。大多數(shù)CsAGOs、CsRDRs和CsDCLs都具有10個保守基序。另外，從基因的結(jié)構(gòu)可以看出，大部分CsRDRs包含3個內(nèi)含子，大多數(shù)CsAGOs基因都包含6個以上內(nèi)含子，而所有CsDCLs都超過20個內(nèi)含子。
　　2.比較黃瓜CsAGOs、CsDCLs及CsRDRs基因與其他物種之間的直系同源關(guān)系，與CsAGOs直系同源的分別是桃有4個，野草莓5個，小米3個；與CsDCLs直系同源的分別是桃2個，玉米4個，小

4、米4個；與CsRDRs直系同源的是桃有4個，其他物種分別有1-2個。系統(tǒng)演化關(guān)系分析表明，黃瓜CsAGOs蛋白主要分布于5個亞家族，而CsDCLs和CsRDRs分別隸屬于4個亞家族。
　　3.熱圖分析表明， CsAGO1a和CsAGO4在所有組織中呈現(xiàn)高表達(dá)， CsAGO1b、CsAGO1c和CsAGO7在黃瓜葉片中高表達(dá)；CsDCLs在所有器官中表達(dá)量都較低；CsRDR1a和CsRDR1b在多數(shù)器官中都有較高的表達(dá)量，而CsRD

5、R1d和CsRDR1e在大部分器官中的表達(dá)水平都較低。
　　4.逆境脅迫處理7葉期黃瓜幼苗，提取不同器官總RNA，經(jīng)反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)后，熒光定量檢測CsAGOs、CsDCLs和CsRDRs在不同器官中的表達(dá)量，結(jié)果表明在溫度脅迫、ABA處理及鹽脅迫下，CsAGOs、CsDCLs和CsRDRs在各器官中的表達(dá)模式幾乎相似，大部分都在莖或花中表達(dá)，而在根、葉、須中，表達(dá)量都較低；干旱脅迫下，絕大多數(shù)CsAGOs基因在根中高表達(dá)，而CsDCL