蛋白質相互作用預測及其應用的研究.pdf

1、本文以蛋白蛋白相互作用為主要研究對象，提出了一個新的預測蛋白蛋白相互作用的算法，新的基于功能關聯(lián)度的利用蛋白相互作用預測蛋白功能的算法，以及3字符LCWIS問題的時間復雜度為O(nlog logn)的算法。 首先，我們從理論上將PPI預測問題轉化為最小帶權集合覆蓋問題(MWSC)，由于最小集合問題是NP—hard的，無法高效的找到精確解，兇此一般采用近似算法求解。較為常見的近似算法是貪婪算法，但是貪婪算法的近似度是對數(shù)級的。因此

2、，我們提出了一種近似度為常數(shù)的啟發(fā)式的近似算法。實驗證明我們的算法確實能夠改進原有算法的性能。 其次，我們提出了基于功能關聯(lián)的數(shù)鄰居法(FANC)預測蛋白功能，我們創(chuàng)新性的引入了功能關聯(lián)度的概念，并且應用到蛋白功能預測中去。實驗證明，我們的方法能有效挖掘功能之間的關聯(lián)度信息，將關聯(lián)度結合蛋白相互作用網(wǎng)絡預測蛋白功能比傳統(tǒng)方法更加準確真實的反應了細胞內部的工作機制，在預測準確率上也超過了傳統(tǒng)方法。 此外，我們給出了3字符L