中國人群IgA腎病相關(guān)基因MEGSIN的單核苷酸多態(tài)性的檢測和單倍型圖譜的構(gòu)建.pdf

1、全球范圍內(nèi)，IgA腎病(IgANephropathy,IgAN)是最為常見的原發(fā)性腎小球疾病，也是導(dǎo)致終末期腎病(End-StageRenalFailure，ESRD)最主要的病因之一，約10～20％患者在確診后10～20年內(nèi)不可避免的進行性發(fā)展到ESRD。到目前為止，IgA腎病的病因和發(fā)病機理尚未完全清楚，國內(nèi)外大量的研究進展表明本病與遺傳因素、環(huán)境因素相關(guān)，屬多基因疾病。 MEGSIN基因是在腎小球系膜細(xì)胞優(yōu)勢表達(dá)的基因，是

2、絲氨酸蛋白酶抑制劑超家族的一個新成員。本課題組在前期的研究中采用傳遞不平衡檢驗(transmissiondisequilibriumtest，TDT)和單倍體相對風(fēng)險(haplotyperelativerisk，HRR)分析法對MEGSIN基因3'端非翻譯區(qū)的C2093T和C2180T區(qū)的基因多態(tài)性進行分析研究后發(fā)現(xiàn)，2093C和2180T與IgA腎病相關(guān)，同時大樣本的病例-對照研究也支持上述結(jié)果，因此推測MEGSIN基因是IgA腎病的

3、相關(guān)基因。 為了進一步闡明本基因的多態(tài)性及構(gòu)建單倍型域和單倍型，本研究選取208例彼此無血緣關(guān)系的中國漢族個體，提取基因組DNA，對包含外顯子、外顯子—內(nèi)含子交界區(qū)及5'UTR區(qū)、3'UTR區(qū)的PCR產(chǎn)物進行直接測序，綜合正反向測序結(jié)果識別和鑒定基因內(nèi)SNPs(singlenucleotidepolymorphisms)。所得結(jié)果在美國國立生物技術(shù)信息中心(NCBI)的SNP數(shù)據(jù)庫(dbSNP)中進行查詢和比較；基因頻率大于5％

4、的16個SNPs利用Haploview軟件包進行連鎖不平衡分析(linkagedisequilibrium，LD)、單倍型域(Haplotypeblock)和單倍型(Haplotype)的構(gòu)建。 本研究在所有研究對象中共發(fā)現(xiàn)24個SNPs，22個位于非編碼區(qū)，2個位于編碼區(qū)；其中22個為替換型SNP，1個為插入型SNP，另一個為缺失型SNP；其中有6個SNPs在數(shù)據(jù)庫中未報道；數(shù)據(jù)庫己報道的4個SNPs，本次研究未能在中國人群中

5、證實。連鎖不平衡的分析結(jié)果表明整個基因被劃分為兩個單倍型域，前兩個SNPs組成一個小的單倍型域；chr18：59610346至chr18：59623523問14個SNPs存在強連鎖不平衡，它們位于一個大的單倍型域中。進一步分析兩個單倍型域內(nèi)所有單倍型，發(fā)現(xiàn)每個單倍型域內(nèi)的常見單倍型只有有限的幾種，與國際上有關(guān)單倍型域的研究結(jié)果一致。 本研究首次對中國漢族人群MEGSIN基因進行單核苷酸多態(tài)性、單倍型域以及單倍型的分析。本次研究表