基因定位的統(tǒng)計方法研究.pdf

1、基因定位是生物信息學和統(tǒng)計遺傳學中一個重要的研究課題.迄今為止，研究人員已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了許多疾病的致病位點，但其中主要都是以單基因疾病為主，換句話說，關于復雜疾病的基因定位到目前為止仍然是科學界的一個難題.
　　統(tǒng)計遺傳學用于基因定位的方法主要有兩大類，即連鎖分析方法和關聯(lián)分析方法.連鎖分析主要是基于基因數(shù)據(jù)、表型數(shù)據(jù)通過統(tǒng)計學的方法去判斷感興趣的基因位點與已知的標記位點間的相對位置.該相對位置可以通過重組率這個參數(shù)來體現(xiàn)，因為重組率和

2、遺傳距離二者可以相互轉(zhuǎn)化.因此可以說，連鎖分析中所要推斷的重要參數(shù)之一就是重組率.當然，這主要是參數(shù)方法;而非參數(shù)方法則用不到具體參數(shù)的推斷.近年，隨著人類基因組計劃的順利完成，用以基因圖譜構(gòu)建和基因定位的方法都得到了許多新的發(fā)展.
　　關聯(lián)分析方法在流行病學里廣泛地應用，可以說該方法是尋找引起復雜疾病的基因位置的有效方法.其中，遺傳標記與疾病關聯(lián)可能是致病基因與遺傳標記存在很強的連鎖不平衡，也可能是遺傳標記位點本身與疾病的發(fā)生存

3、在關聯(lián)性.基因間的關聯(lián)程度通常由連鎖不平衡來刻畫，連鎖不平衡是群體的性質(zhì)，可以用群體的數(shù)據(jù)來推斷連鎖不平衡的程度，現(xiàn)在也把有關這方面的研究在文獻中稱為關聯(lián)分析.在關聯(lián)研究中,通過鄰近位點形成的關聯(lián)狀態(tài),將能檢測到疾病的致病位點.一旦找到致病基因的精確位置或一定的區(qū)域，將為進一步地治療疾病起到致關重要的作用.
　　本文的主要工作之一就是提出—種新的關聯(lián)分析的方法(RTTFP)，該方法是對已有文獻方法的一種改進，通過兩步檢驗能夠使得對

4、疾病位點的探測達到一定的功效，而且新方法要優(yōu)于已有的方法(TTFP和TTFPBFA).同時，該方法能在一定程度上控制群體分層.
　　其次，還針對一個真實的數(shù)據(jù)集，提出了探測基因-基因，以及基因-環(huán)境交互作用的方法.其中關鍵的一步就是如果所考慮的變異中包含罕見變異，則將同一基因內(nèi)罕見變異合并，形成一個組合的罕見變異(CRV)，并將其看成一個新的變異進行研究.新方法被用于鑒別KDR基因和控制數(shù)量性狀Q1的吸煙狀態(tài)之間的交互作用.