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文檔簡介
1、基因整合是指外來的DNA分子插入到宿主基因組中的基因突變事件,包括轉座子、逆轉錄病毒、逆轉錄基因治療載體等在自然或人工過程中的整合行為?;蛘辖M從全基因組水平分析整合事件,是病毒致癌機制研究,癌基因整合突變篩選和基因治療載體開發(fā)等研究領域重要的遺傳學分析手段。
目前,基因整合位點主要通過PCR方法分離并經測序鑒定。第二代測序技術的出現(xiàn)簡化了整合位點分析的過程。反向PCR,接頭PCR,線性擴增PCR等各種翼側序列擴增技術與
2、高通量的454測序技術結合,為相關領域的研究積累了大量寶貴的整合信息。為了獲取更全面的基因整合信息,更新的方法應該達到基因整合組分析的要求。雖然,最新的非限制性線性擴增PCR和Mu噬菌體介導PCR具有分析全基因組整合位點的潛能,但是兩者都存在一定的技術難度。
本論文開發(fā)的大規(guī)模錨定平行測序(massive anchored parallel sequencing,MAPS)能夠從全基因組水平分離和鑒定整合序列。MAPS利用
3、機械能將DNA片段化,從而避免了酶切引起的整合位點分離偏好并為后期整合位點的識別增加置信。本法改造Illumina的測序接頭使之介導整合序列的分離和擴增,并由此結合Illumina雙端測序技術用以高通量鑒定整合位點。以乙肝陽性的肝癌組織DNA樣品為例,單次多元化測序分析成功地在6對(癌和癌旁)組織樣品中鑒定了68個整合位點,而且結果定量地反映了各個整合位點的克隆頻率。最后,本文也分析了非限制性和半定量的MAPS方法具有很強的拓展性和移植
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