胃癌外周血基因標志物研究.pdf

1、目的：
　　通過收集和分析胃癌患者及對照組的血液全基因表達譜的找出與胃癌相關的血液基因標志物。
　　方法：
　　1、血樣收集：樣本于2014～2015年采集于安徽醫(yī)科大學第二附屬醫(yī)院包括：胃癌組36份血液樣本；健康對照組：55例；非胃癌的其他腫瘤對照組125例。
　　2、提取RNA和RNA的質量控制：用PAXgene Blood RNA抽提試劑盒提取外周血總RNA。評估總RNA的濃度和純度。通過Agilent21

2、00生物分析儀檢測總RNA的片段完整性。
　　3、基因芯片雜交：全血RNA與基因芯片雜交分析，RNA樣品的基因表達譜利用Affymetrix表達控制臺軟件處理并經MAS5算法標準化，使之可被比較分析差異。
　　4、基因芯片數(shù)據(jù)分析：運用SentinelPairTM, LogRegTM進行分析運算，用蒙特卡洛方法(Monte Car lo Method)從大量的數(shù)據(jù)中加速尋找表達有顯著差異的基因組(gene panel)。比較

3、分析各基因組在各實驗組中的區(qū)別能力，甄別出符合假設的基因組。并用邏輯回歸統(tǒng)計分析方法評估上述基因構成的基因組合對胃癌的診斷作用。
　　結果：
　　5、通過自我訓練的邏輯回歸模型，研究確定了檢測胃癌的四個候選基因包括PURB, SMC1L1, DENND1B和PDCD4。這些基因表達在胃癌組與健康對照組對比顯示：其中兩個基因（PURB，DENND1B）在胃癌組中過表達（2.2倍，1.5倍）,另兩個基因（SMC1L1，PDCD4

4、）則呈低表達（-1.6倍，-1.7倍）。這個四基因組表達在胃癌與健康對照組之間呈線性倍增變化，差異有統(tǒng)計學意義（P<0.001）。
　　6、訓練集中，這四個基因組顯示的ROC AUC為0.99，準確率95％，敏感性90%，對健康對照組特異性為100%，對非胃癌的其他腫瘤對照組特異性為95%。
　　7、為了驗證這四個基因組的可能性是否僅僅由于隨機的機會，我們進行了2倍交叉驗證，從中我們得出結論，所觀察到的4個基因組合的表現(xiàn)，不

5、可能是隨機的結果。
　　8、然后我們用上述建立在訓練集上的數(shù)學預測模型來評估完全獨立樣本的測試集，評估的結果與預測模型在訓練集的表現(xiàn)相似：ROC AUG為99%，準確率94%，敏感性100%，對健康對照組特異性為100%，對非胃癌的其他腫瘤對照組特異性為88%。
　　9、將訓練集和測試集的結果相結合，得出這個四個基因組診斷胃癌的準確度為95%，敏感性為92%，特異性為96%。
　　結論：
　　本研究顯示了使用外周

6、血的基因表達譜檢測胃癌的可能性。研究發(fā)現(xiàn)了一個外周血四基因組的胃癌特異性基因標志物，這個四基因組包含PURB[purine-rich element binding protein B], SMC1L1[structural maintenance of chromosomes1A], DENND1B[DENN/MADD domain containing1B]和PDCD4[programmed cell death4]四個基因。這一基