二代測(cè)序技術(shù)在家族性非髓樣甲狀腺癌遺傳易感基因篩查中的應(yīng)用.pdf

1、 分 類 號(hào)： 號(hào)：R736.1 學(xué)校代碼： 學(xué)校代碼：1 0 0 6 2 密 級(jí)： 級(jí)： 學(xué) 號(hào)： 號(hào)：2013602218 學(xué)位類別 學(xué)位類別： 科學(xué)學(xué)位? 專業(yè)學(xué)位? 學(xué)科門類： 學(xué)科門類：

2、醫(yī)學(xué) 醫(yī)學(xué) 碩 士 學(xué) 位 論 文 MASTER’S DISSERTATION 論文題目： 論文題目：二代測(cè)序 二代測(cè)序技術(shù) 技術(shù)在家族性非髓樣甲狀腺癌遺 在家族性非髓樣甲狀腺癌遺傳易感性篩查中的應(yīng)用 傳易感性篩查中的應(yīng)用 T I T L E Next Generation Sequencing Technology for Susceptible Gene Screening in Familial Non-medullary T

3、hyroid Carcinoma 一級(jí)學(xué)科： 一級(jí)學(xué)科：臨床醫(yī)學(xué) 臨床醫(yī)學(xué) 二級(jí)學(xué)科： 二級(jí)學(xué)科：腫瘤學(xué) 腫瘤學(xué) 論文作者： 論文作者：董 莉 指導(dǎo)教師： 指導(dǎo)教師：高 明 教授 教授 導(dǎo)師組成員： 導(dǎo)師組成員：鄭向前 鄭向前 于津浦 于津浦 于洋 于洋 天 津 醫(yī) 科 大 學(xué) 研 究 生 院 二〇一 二〇一六 年 五 月天津醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文 I 中文摘要 目的 目的： 家族性非髓樣甲狀腺癌（familial non-medu

4、llary thyroid carcinoma, FNMTC）包括甲狀腺乳頭狀癌、甲狀腺濾泡癌、甲狀腺未分化癌，其特異性致病基因尚不清楚。隨著測(cè)序技術(shù)發(fā)展革新，二代測(cè)序技術(shù)以其高通量、平行測(cè)序及經(jīng)濟(jì)高效的特點(diǎn)得到廣泛的應(yīng)用推廣。本研究通過(guò)篩選與甲狀腺癌遺傳易感性相關(guān)的基因，制備適用于非髓樣甲狀腺癌易感性篩查的二代測(cè)序試劑盒探針，應(yīng)用于非髓樣甲狀腺癌遺傳易感基因的篩查，探討二代測(cè)序技術(shù)對(duì)非髓樣甲狀腺癌遺傳易感性篩查的價(jià)值。 方法： 方法：

5、 以甲狀腺癌相關(guān)的 31 個(gè)基因的全外顯子以及 RET基因的部分內(nèi)含子為目標(biāo)區(qū)域制備二代測(cè)序試劑盒探針。 收集 47 例 FNMTC 及 16 例散發(fā)性非髓樣甲狀腺癌（sporadic non-medullary thyroid carcinoma, SNMTC）患者外周血，提取 DNA樣本， 利用探針， 與全基因組 DNA 雜交， 富集目標(biāo)區(qū)域， 再利用 Illumina MiSeq第二代測(cè)序儀進(jìn)行測(cè)序。測(cè)序數(shù)據(jù)分析采用 BWA al

6、igner 0.7.10，DNA 易位分析采用 Tophat2 和 Factera 1.4.3 完成；用 ExAC 和 ClinVar 數(shù)據(jù)庫(kù)分析、過(guò)濾，篩出高質(zhì)量的突變位點(diǎn)，采用 Sanger 測(cè)序法驗(yàn)證突變位點(diǎn)。利用 SPSS19.0 軟件對(duì)FNMTC 和 SNMTC 兩組患者的突變比例、突變組和未突變組患者的臨床病理資料進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，以 P＜0.05 作為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。 結(jié)果： 結(jié)果： 1. 在基于二代測(cè)序的 FNMTC 易

7、感性檢測(cè)中，每個(gè)樣本的產(chǎn)生的總測(cè)序數(shù)據(jù)量約為 1.3~2.9 兆 （M） 測(cè)序讀段 （reads） ， 平均為 2.5M 測(cè)序讀段， 平均 98.9%的讀段在基因組，54.3%的讀段分布在二代測(cè)序的目標(biāo)區(qū)域內(nèi)；對(duì)于 FNMTC 檢測(cè)的二代測(cè)序目標(biāo)區(qū)域， 平均測(cè)序深度為 500× ， 最小和最大測(cè)序深度分別為 157×和 1505× ； 所有樣本中， 超過(guò) 96%的目標(biāo)測(cè)序區(qū)域的平均測(cè)序深度大于 200