MicroRNA靶標(biāo)預(yù)測軟件的測評(píng)及靶標(biāo)基因特征分析.pdf

1、MicroRNA 是一類重要的小分子RNA，其在后轉(zhuǎn)錄階段調(diào)控靶標(biāo)基因的表達(dá)，識(shí)別microRNA的靶標(biāo)基因是認(rèn)識(shí)其調(diào)節(jié)功能的關(guān)鍵。由于傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)方法存在費(fèi)時(shí)耗財(cái)?shù)戎T多問題，采用計(jì)算的方法則成為識(shí)別microRNA 靶標(biāo)基因的有效途徑之一。目前雖然已研制了多個(gè)microRNA 靶標(biāo)基因的預(yù)測軟件，但是預(yù)測軟件的性能測評(píng)標(biāo)準(zhǔn)卻各不相同。為此進(jìn)行了microRNA 靶標(biāo)預(yù)測軟件的測評(píng)及靶標(biāo)基因特征分析的研究。
　　 首先針對(duì)micr

2、oRNA 靶標(biāo)基因預(yù)測軟件測評(píng)標(biāo)準(zhǔn)不一致的問題，采用了生物信息學(xué)研究中廣泛使用的預(yù)測軟件評(píng)價(jià)參數(shù)（敏感度、假陽性率、信噪比），在質(zhì)量可靠的Tarbase數(shù)據(jù)集上測評(píng)了5個(gè)知名的microRNA 靶標(biāo)基因預(yù)測軟件。測試結(jié)果顯示預(yù)測軟件的預(yù)測精度普遍偏低。對(duì)于保守基因的預(yù)測，敏感度最高為0.474，而對(duì)于非保守基因的預(yù)測，最高敏感度僅為0.332。根據(jù)各軟件的預(yù)測結(jié)果和特點(diǎn)，進(jìn)一步提出了使用microRNA 靶標(biāo)基因預(yù)測軟件的基本建議。

3、r>　　 然后對(duì)microRNA 靶標(biāo)基因的轉(zhuǎn)錄特征進(jìn)行了分析。基于Ensembl，Vega等注釋數(shù)據(jù)庫提供的基因注釋信息，分析了Tarbase中靶標(biāo)基因的可變剪切轉(zhuǎn)錄本數(shù)目的情況，發(fā)現(xiàn)靶標(biāo)基因有非常顯著的傾向轉(zhuǎn)錄多個(gè)可變剪切轉(zhuǎn)錄本，其p-value為1.43E-51。進(jìn)一步分析了靶標(biāo)基因與可變polyA位點(diǎn)之間的關(guān)聯(lián)性，同樣發(fā)現(xiàn)兩者之間關(guān)聯(lián)的統(tǒng)計(jì)結(jié)果具有顯著性，其p-value為9.27E-25。分析結(jié)果顯示靶標(biāo)基因與選擇性剪切機(jī)制