海鞘MicroRNA基因的識別及其靶標(biāo)預(yù)測.pdf

1、MicroRNAs(miRNAs)是一類長度約20～22nt的非編碼單鏈小RNA,通過序列互補(bǔ)配對的方式與靶基因的3’UTR區(qū)序列結(jié)合進(jìn)而調(diào)控其基因的表達(dá)。miRNA作為一類新的調(diào)控因子,在動物和植物的生命活動中發(fā)揮了重要的作用,包括組織分化、細(xì)胞增殖、發(fā)育進(jìn)程、器官形成、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)以及疾病等方面都有重要的調(diào)控作用。雖然近年來對動物的miRNA報道層出不窮,但對玻璃海鞘miRNA的研究還是有限的。研究表明,miRNA的數(shù)量大約在其總基因數(shù)

2、量的0.5％-1.5％,但是在miRBase上發(fā)表的玻璃海鞘miRNA只有34個,所以對miRNA的挖掘工作是十分重要的。
　　 由于傳統(tǒng)的實驗方法受到miRNA.基因表達(dá)特異性的限制,最近幾年許多miRNA的發(fā)現(xiàn)更多是利用生物信息學(xué)的預(yù)測方法,大大提高了人們發(fā)現(xiàn)miRNA及其靶基因的效率。本文首先采用同源片段搜索的方法,以線蟲、果蠅、文昌魚和人類的miRNA為探針,與海鞘的基因組序列進(jìn)行比對,同時結(jié)合miRNA二級結(jié)構(gòu)特征及S

3、VM假陽性分析來挖掘新的miRNA基因。其次通過對靶基因的預(yù)測以及基因功能的比較,研究miRNA的調(diào)控功能,最后對miRNA家族進(jìn)行了進(jìn)化分析。
　　 研究結(jié)果如下:
　　 1.基于同源片段搜索的方法,除去已公布的miRNA,在玻璃海鞘中共預(yù)測出10個新的miRNA基因。
　　 2.對新的miRNA基因進(jìn)行比較分析,證明他們大部分位于基因間區(qū),同源miRNA在進(jìn)化中高度保守。
　　 3.透過miRNA二級

4、結(jié)構(gòu)圖的直觀證明,miRNA成熟體在發(fā)夾結(jié)構(gòu)中的位置存在多樣性變化。
　　 4.將新miRNA基因與EST進(jìn)行了對比,進(jìn)一步證實實驗的可靠性。
　　 5.利用miRanda方法預(yù)測出新miRNA的靶基因,結(jié)果顯示miRNA所作用的靶基因數(shù)目各不相同,差異很大。
　　 6.將預(yù)測出來的miRNA靶基因按照GO功能分為三大類,進(jìn)一步研究這些miRNA靶基因在生物學(xué)過程、細(xì)胞組成、分子功能等方面受到miRNA的調(diào)控作用