枯草芽孢桿菌高質(zhì)量代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)庫的初步重構(gòu).pdf

1、建立高質(zhì)量的微生物代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)庫是進(jìn)行代謝網(wǎng)絡(luò)定量分析和運(yùn)用代謝工程技術(shù)改良菌種的基礎(chǔ)，更是從宏觀角度整體分析微生物的系統(tǒng)生物學(xué)的體現(xiàn)。目前國內(nèi)外的研究方法主要是結(jié)合各種相關(guān)互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫的信息和書籍、文獻(xiàn)、專利以及實(shí)驗(yàn)事實(shí)和結(jié)果等對(duì)已有的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行不斷補(bǔ)充和完善或建立新的代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)庫。 枯草芽孢桿菌自被發(fā)現(xiàn)以來，一直在工業(yè)及醫(yī)藥領(lǐng)域有著廣泛的應(yīng)用。然而它的代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)庫到目前為止卻還沒有真正地建立起來，這就限制了人們對(duì)這一實(shí)用

2、性極強(qiáng)的菌種進(jìn)行近一步研究和利用。 本論文針對(duì)枯草芽孢桿菌，搜集了目前針對(duì)該菌研究最有權(quán)威的三個(gè)互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫KEGG、Subtilist和Expasy的基因組注釋信息和代謝反應(yīng)信息，利用VBA語言編程，以KEGG數(shù)據(jù)庫為基準(zhǔn)，將三個(gè)數(shù)據(jù)庫的信息互為補(bǔ)充，初步建立了一個(gè)新的枯草芽孢桿桿菌代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)庫，由原來KEGG數(shù)據(jù)庫791個(gè)與代謝反應(yīng)相關(guān)的基因增加到目前的840個(gè)。 在此基礎(chǔ)上，論文還對(duì)整個(gè)代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行了子系統(tǒng)