線蟲(chóng)全基因組內(nèi)源siRNA及其靶點(diǎn)基因預(yù)測(cè)與功能分析.pdf

1、RNA干擾現(xiàn)象是近年新發(fā)現(xiàn)的一種自然存在的生物學(xué)現(xiàn)象，它由互補(bǔ)雙鏈RNA介導(dǎo)使靶標(biāo)mRNA降解或抑制翻譯，表型上導(dǎo)致靶mRNA轉(zhuǎn)錄后沉默，是生物界古老而且進(jìn)化高度保守的現(xiàn)象之一。在基因功能研究和基因藥物等方面具有廣泛的應(yīng)用前景，是近年來(lái)生物學(xué)研究的熱點(diǎn)問(wèn)題之一。
　　 本文根據(jù)RNA干擾的基本原理，運(yùn)用生物信息學(xué)的原理和方法，通過(guò)計(jì)算機(jī)編程尋找模式生物線蟲(chóng)mRNA內(nèi)含子中大量的siRNA，并找到了siRNA相應(yīng)的靶標(biāo)基因。統(tǒng)計(jì)了

2、這些序列在線蟲(chóng)基因組中的分布情況，推測(cè)存在一個(gè)由內(nèi)源性siRNA參與的基因調(diào)控途徑。并在此基礎(chǔ)上，我們構(gòu)建了本地Gene Ontology(GO)分析系統(tǒng)，進(jìn)一步對(duì)所有產(chǎn)生內(nèi)源siRNA基因及其靶標(biāo)基因進(jìn)行了Gene Ontology(GO)富集度功能分析，發(fā)現(xiàn)內(nèi)源siRNA基因最顯著的生物過(guò)程功能為胚胎發(fā)育(G0:0009792embryonic development)，細(xì)胞組成最顯著是整合在細(xì)胞膜內(nèi)(G0:0016021integ

3、ral to membrane)，分子功能則為?；D(zhuǎn)移酶活性(G0:0008415 acyltransferaseactivity)；其靶標(biāo)基因最顯著的生物過(guò)程功能為染色質(zhì)修飾(G0:0016568chromatin modification)，(細(xì)胞組成最顯著也是整合在細(xì)胞膜內(nèi)(G0:0016021integral to membrane))，分子功能為組蛋白賴氨酸N’甲基轉(zhuǎn)移酶活性(G0:0018024histone-lysine