復雜疾病的上位性檢測方法研究.pdf

1、隨著高通量基因分型技術的快速發(fā)展，在全基因組范圍內對復雜性疾病進行關聯研究已成為可能。全基因組關聯研究通常以單核苷酸多態(tài)性為遺傳標記進行病例-對照分析，進而檢測出與復雜疾病相關的遺傳變異。上位性是指兩個或者多個單核苷酸多態(tài)性（或基因）之間的相互作用對表型的影響，上位性是影響復雜疾病的重要遺傳因素之一。研究人員已經提出了大量方法在全基因組范圍內進行上位性檢測，但這些方法大多存在效率低、難以處理大規(guī)模數據集等問題。本文針對上位性檢測方法進行

2、研究，主要包含以下兩方面工作:
　　(1)針對現有基于信息熵的上位性檢測方法沒有考慮數據的非平衡性、效率低等問題，本文提出了一種新的基于信息熵的上位性檢測方法Unew。該方法較好地考慮了在非平衡數據集上的應用，同時對條件熵增加了一個懲罰因子，進一步放大了SNP組合的基因型頻率在病例組和對照組之間的差異，從而更有可能把真正與疾病相關聯的SNP組合給檢測出來。在仿真數據集上的一系列實驗表明，該方法提高了檢測效率。
　　(2)在全

3、基因組范圍內進行上位性檢測時，計算量巨大，為此，我們提出了一種新的兩階段法(TwoFC)進行上位性檢。該方法把G2檢驗和APD(AbsoluteProbabilityDifference)函數進行融合，得到一個新的打分函數，融合后的打分函數能夠更好地衡量SNPs與疾病狀態(tài)之間的關聯強度，從而更可能把與疾病相關的致病SNP組合給檢測出來。TwoFC在第一階段通過融合打分函數篩選出少部分重要候選位點，第二階段在候選位點中進行上位性檢測。在仿