咖啡酸衍生物和平板霉素的藥效構(gòu)象模擬研究.pdf

1、計(jì)算化學(xué)快速發(fā)展，各種新型分子設(shè)計(jì)技術(shù)不斷進(jìn)步，為新藥的研究和開發(fā)提供了有力工具。本文對(duì)咖啡酸衍生物和平板霉素兩類天然藥物進(jìn)行了計(jì)算和模擬研究，探討了結(jié)構(gòu)與活性的關(guān)系。 咖啡酸衍生物是一類丹參的水溶性有效成份，具有較強(qiáng)的抗氧化活性。為深入研究咖啡酸衍生物的抗氧化活性和分子結(jié)構(gòu)的關(guān)系，本文采用密度泛函方法，選取b31yp/6-31g*基組，以單點(diǎn)能、偶極距、核-核排斥能和HOMO/LUMO能級(jí)差為參數(shù)，進(jìn)行量子化學(xué)計(jì)算，研究咖啡酸

2、衍生物的電子結(jié)構(gòu)；并將本實(shí)驗(yàn)結(jié)果與測(cè)定的活性實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行了比較和分析。計(jì)算結(jié)果表明，苯環(huán)上的羥基取代越多，化合物的抗氧化活性越強(qiáng)，同時(shí)鄰苯二酚的結(jié)構(gòu)具有較強(qiáng)的抗氧化活性，任意位置的羥基都對(duì)化合物的抗氧化活性有貢獻(xiàn)。 平板素和平板霉素是由平板鏈霉菌產(chǎn)生的細(xì)菌脂肪酸合成酶FabF的新型抑制劑。本文采用FlexX分子對(duì)接模塊對(duì)平板霉素和平板素的結(jié)構(gòu)與受體蛋白作用的精確模型進(jìn)行了研究。對(duì)低能構(gòu)象進(jìn)行對(duì)接，采用CScore打分函數(shù)，得到了

3、合理的平板霉素和平板素-FabF藥效作用模型。平板霉素和平板素的前端苯環(huán)部分進(jìn)入并牢牢占據(jù)4個(gè)氨基酸殘基(C163Q、H303、H340和F400)組成的FabF活性口袋，而尾部側(cè)鏈暴露于口袋之外。兩種抑制劑的前端與受體FabF活性中心殘基為強(qiáng)的親水基團(tuán)，弱的正電性，而沒有發(fā)現(xiàn)氫鍵。與平板霉素相比，平板素的尾側(cè)鏈更加接近活性口袋。平板霉素前端與受體活性中心結(jié)合能力高于平板素，有較強(qiáng)的底物競(jìng)爭(zhēng)性。但平板素尾部與受體之間結(jié)合高于平板霉素，有