咖啡酸衍生物和平板霉素的藥效構(gòu)象模擬研究.pdf

1、計算化學快速發(fā)展，各種新型分子設(shè)計技術(shù)不斷進步，為新藥的研究和開發(fā)提供了有力工具。本文對咖啡酸衍生物和平板霉素兩類天然藥物進行了計算和模擬研究，探討了結(jié)構(gòu)與活性的關(guān)系。 咖啡酸衍生物是一類丹參的水溶性有效成份，具有較強的抗氧化活性。為深入研究咖啡酸衍生物的抗氧化活性和分子結(jié)構(gòu)的關(guān)系，本文采用密度泛函方法，選取b31yp/6-31g*基組，以單點能、偶極距、核-核排斥能和HOMO/LUMO能級差為參數(shù)，進行量子化學計算，研究咖啡酸

2、衍生物的電子結(jié)構(gòu)；并將本實驗結(jié)果與測定的活性實驗結(jié)果進行了比較和分析。計算結(jié)果表明，苯環(huán)上的羥基取代越多，化合物的抗氧化活性越強，同時鄰苯二酚的結(jié)構(gòu)具有較強的抗氧化活性，任意位置的羥基都對化合物的抗氧化活性有貢獻。 平板素和平板霉素是由平板鏈霉菌產(chǎn)生的細菌脂肪酸合成酶FabF的新型抑制劑。本文采用FlexX分子對接模塊對平板霉素和平板素的結(jié)構(gòu)與受體蛋白作用的精確模型進行了研究。對低能構(gòu)象進行對接，采用CScore打分函數(shù)，得到了

3、合理的平板霉素和平板素-FabF藥效作用模型。平板霉素和平板素的前端苯環(huán)部分進入并牢牢占據(jù)4個氨基酸殘基(C163Q、H303、H340和F400)組成的FabF活性口袋，而尾部側(cè)鏈暴露于口袋之外。兩種抑制劑的前端與受體FabF活性中心殘基為強的親水基團，弱的正電性，而沒有發(fā)現(xiàn)氫鍵。與平板霉素相比，平板素的尾側(cè)鏈更加接近活性口袋。平板霉素前端與受體活性中心結(jié)合能力高于平板素，有較強的底物競爭性。但平板素尾部與受體之間結(jié)合高于平板霉素，有