靶向篩選HBV相關(guān)性肝細(xì)胞癌與Rab14相互作用的蛋白.pdf

1、目的:采用靶向蛋白質(zhì)組學(xué)方法篩選HBV相關(guān)性肝細(xì)胞癌(hepatocellular carcinoma，HCC)與Rab14相互作用的蛋白，采用基因本體論(gene ontology，GO)、功能聚類(lèi)、信號(hào)通路和蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction，PPI)等生物信息學(xué)方法分析Rab14相互作用蛋白，揭示其生物學(xué)意義，探討Rab14參與HBV相關(guān)性HCC的生長(zhǎng)及侵襲的可能分子機(jī)制。
　　方法:

2、
　　1、采用RT-qPCR和Western Blot檢測(cè)HCC組織中Rab14的表達(dá)水平。
　　2、采用免疫共沉淀結(jié)合質(zhì)譜分離鑒定Rab14相互作用蛋白。
　　3、利用生物信息學(xué)軟件DAVID v6.7對(duì)Rab14相互作用蛋白進(jìn)行GO、功能聚類(lèi)、信號(hào)通路分析，用PPI網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)軟件String9.1進(jìn)行PPI分析。
　　結(jié)果:
　　1、Rab14在肝癌組織中表達(dá)明顯增強(qiáng)（P＜0.05），癌旁組織中表達(dá)較弱，

3、正常對(duì)照組織中幾乎不表達(dá)。
　　2、用靶向蛋白質(zhì)組學(xué)方法在純化的肝癌細(xì)胞中鑒定到133個(gè)Rab14相互作用蛋白。
　　3、GO分析顯示，133個(gè)蛋白被聚類(lèi)成13個(gè)功能相關(guān)的簇;功能聚類(lèi)分析顯示:具有相似結(jié)構(gòu)和功能的蛋白有65個(gè)，涉及到9個(gè)功能簇:①分子伴侶;②囊泡介導(dǎo)轉(zhuǎn)運(yùn);③細(xì)胞骨架;④GTP結(jié)合;⑤蛋白轉(zhuǎn)運(yùn);⑥Ras相關(guān)蛋白;⑦跨膜轉(zhuǎn)運(yùn);⑧核糖體蛋白;⑨離子轉(zhuǎn)運(yùn)。
　　4、Biocarta和KEGG信號(hào)通路分析顯示:

4、15個(gè)蛋白涉及到四條Biocarta信號(hào)通路:乙?；鶊F(tuán)轉(zhuǎn)運(yùn)通路、細(xì)胞粘附信號(hào)通路、Rab相關(guān)信號(hào)通路、囊泡轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)信號(hào)通路。53個(gè)蛋白涉及到七條KEGG信號(hào)通路:抗原處理和呈遞信號(hào)通路、黏著連接信號(hào)通路、內(nèi)吞相關(guān)信號(hào)通路、核糖體信號(hào)通路、肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)節(jié)通路、腫瘤相關(guān)信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路。其中3個(gè)蛋白涉及到囊泡轉(zhuǎn)運(yùn)通路，9個(gè)蛋白涉及內(nèi)吞通路，7個(gè)蛋白涉及MAPK通路。
　　5、PPI分析發(fā)現(xiàn):Rab14能通過(guò)RAB5A與

5、TFRC、AP1G1相互作用，通過(guò)AP1B1與DNM2、CLTC、FTL、TFRC相互作用，通過(guò)DNM2與CTNNA1、AP1G1、AP1B1、TF、TFRC、VCL相互作用。
　　結(jié)論:
　　1、Rab14在肝癌組織中表達(dá)明顯增強(qiáng)。
　　2、首次采用靶向蛋白質(zhì)組學(xué)方法在HCC癌細(xì)胞中鑒定到133個(gè)Rab14相互作用蛋白。
　　3、133個(gè)蛋白可聚類(lèi)成13個(gè)功能相關(guān)的簇，其涉及的主要功能包括9個(gè)方面:分子伴侶、囊

6、泡介導(dǎo)轉(zhuǎn)運(yùn)、細(xì)胞骨架、GTP結(jié)合、蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)、Ras相關(guān)蛋白、跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)、核糖體蛋白、離子轉(zhuǎn)運(yùn)。
　　4、Rab14相互作用蛋白涉及四條Biocarta信號(hào)通路和七條KEGG信號(hào)通路。
　　5、Rab14能通過(guò)RAB5A與TFRC、AP1G1相互作用，通過(guò)AP1B1與DNM2、CLTC、FTL、TFRC相互作用，通過(guò)DNM2與CTNNA1、AP1G1、AP1B1、TF、TFRC、VCL相互作用，調(diào)節(jié)囊泡轉(zhuǎn)運(yùn)、內(nèi)吞過(guò)程、細(xì)胞粘附等