基于中藥數(shù)據(jù)庫(kù)的HIV蛋白酶抑制劑的篩選與改造.pdf

1、艾滋病(AIDS，獲得性免疫缺陷綜合癥)，其病原體為人免疫缺陷病毒(humanimmunodeficiency vires，HIV)，是20世紀(jì)危害人類健康和生命最嚴(yán)重的疾病之一，它極大的影響了人類的健康。尋找新的抗HIV的藥物一直是研究的熱門(mén)課題。目前科學(xué)家正在努力尋找發(fā)現(xiàn)抑制和治療艾滋病的有效方法。 HIV蛋白酶歸屬于天冬氨酰基蛋白酶，由兩條含99個(gè)氨基酸的多肽鏈形成的C<，2>對(duì)稱的均二聚體，每一亞基上天冬氨酰殘基形成了酶

2、的活性中心。HIV蛋白酶(HIV PR)對(duì)該病毒復(fù)制周期正常運(yùn)轉(zhuǎn)和病毒成熟至關(guān)重要，是病毒復(fù)制必需的酶，是抗HIV的藥物重要靶點(diǎn)。 因此，為了尋找更加有效和低毒的抗HIV蛋白酶的活性化合物，我做了如下工作： (1)利用現(xiàn)代化學(xué)信息學(xué)手段和中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)尋找新的抗HIV藥物。選用現(xiàn)有的抗HIV的藥物沙奎那韋(Saquinavir)作模版，對(duì)中藥分子數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性搜索，然后采用分子對(duì)接方法得到HIV-1蛋白酶受體與亞葉酸的

3、合理復(fù)合物結(jié)構(gòu)，用分子動(dòng)力學(xué)方法對(duì)對(duì)接結(jié)果分別進(jìn)行了無(wú)水存在200ps和有水存在50ps的模擬。根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索和對(duì)接結(jié)果，分子亞葉酸可以作為藥物開(kāi)發(fā)的起點(diǎn)。通過(guò)分析數(shù)據(jù)，可以了解配體各個(gè)區(qū)域與受體相互作用的細(xì)節(jié)和變化規(guī)律。 (2)利用現(xiàn)有的抗病毒藥物采用對(duì)接方法篩選全部HIV受體蛋白酶，然后用選出的較優(yōu)蛋白酶受體針對(duì)中藥數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行篩選。根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)篩選和對(duì)接，選出可能的抗HIV的中藥蘑菇氨酸，并對(duì)該中藥進(jìn)行改造。實(shí)驗(yàn)得出的中藥分子