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文檔簡(jiǎn)介
1、新煙堿類化合物是新一代的殺蟲劑,具有高效低毒等特點(diǎn),在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和日常生活中扮演著越來(lái)越重要的角色。大量試驗(yàn)數(shù)據(jù)表明:新煙堿類化合物的靶點(diǎn)蛋白為煙堿型乙酰膽堿受體,其作用模式類似于煙堿分子。本試驗(yàn)借助分子對(duì)接手段,從已確定的煙堿.煙堿型乙酰膽堿受體復(fù)合構(gòu)象模型出發(fā),采用SYBYL6.92軟件包中FlexX分子對(duì)接模塊對(duì)新煙堿類化合物的3種已上市化合物吡蟲啉,噻蟲啉,烯啶蟲胺和3種吡蟲啉的結(jié)構(gòu)衍生物同受體蛋白作用的精確模型進(jìn)行了研究。通過(guò)全
2、局搜索方法構(gòu)建配體的大型構(gòu)象庫(kù)進(jìn)行對(duì)接,克服了軟件自身僅為剛性對(duì)接,缺乏對(duì)環(huán)狀分子進(jìn)行鍵角改變能力的不足;采用依據(jù)構(gòu)象標(biāo)準(zhǔn)偏差對(duì)結(jié)果進(jìn)行分類并考察CScore打分函數(shù)數(shù)據(jù)的篩選手段,解決了傳統(tǒng)篩選方法僅依靠打分函數(shù)進(jìn)行結(jié)果判斷而在較多構(gòu)象情況下偶爾缺乏區(qū)別不同構(gòu)象能力的缺陷。通過(guò)不同于FlexX對(duì)接算法的AutoDock軟件對(duì)結(jié)果進(jìn)行重新對(duì)接來(lái)考察結(jié)果的可靠性,并綜合所有結(jié)果給出合理的新煙堿類化合物-煙堿型乙酰膽堿受體的藥效作用構(gòu)象模型
3、。 通過(guò)對(duì)接計(jì)算所得的新煙堿類藥物的藥效作用構(gòu)象模型:配體吡啶環(huán)上氮原子通過(guò)水分子同受體LeU102,Met114形成氫鍵并且咪唑環(huán)或噻唑環(huán)上親水側(cè)鏈同受體CYS187或SER186形成氫鍵,疏水側(cè)鏈同疏水部位A(TYR164,TRP53,TYR89以及TYR185殘基),或疏水部位B(TYR132,CYS187和CYS188)相互作用,同早先有關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道的試驗(yàn)結(jié)果部分吻合,充分表明了其合理性。依據(jù)本構(gòu)象模型,作者提出了對(duì)新煙堿
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