二代測(cè)序分析散發(fā)性結(jié)直腸癌和息肉的基因突變.pdf

1、研究背景及目的：近幾年，遺傳學(xué)研究在揭示結(jié)直腸癌的病因和發(fā)病機(jī)制上取得了驚人的進(jìn)展，到目前為止，已有519個(gè)基因和751個(gè)突變位點(diǎn)被認(rèn)為與結(jié)直腸癌相關(guān)。但是國(guó)內(nèi)外研究比較多的基因大部分與家族遺傳性的結(jié)直腸癌相關(guān)，較少針對(duì)散發(fā)性結(jié)直腸癌，這與散發(fā)性結(jié)直腸癌的發(fā)病機(jī)制復(fù)雜、受到的影響因素多以及相關(guān)的基因研究較少都有關(guān)系。本課題通過(guò)目標(biāo)基因捕獲高通量測(cè)序技術(shù)檢測(cè)散發(fā)性腸癌及息肉的基因突變，旨在檢測(cè)出的突變位點(diǎn)中篩查出與二者高度相關(guān)的可能致病性

2、突變位點(diǎn)。
　　研究方法：本研究將樣品分為兩個(gè)系列，系列1中共收集了22例散發(fā)性腸癌及19例息肉的組織和全血樣品，分別提取DNA后采用定制的擴(kuò)展的ColoNext芯片篩查芯片上129個(gè)基因的全部編碼序列。利用現(xiàn)有的多種基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)，分析可能致病性突變位點(diǎn)及新發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)。系列2的樣品中共收集了27例散發(fā)性腸癌、56例息肉的組織和全血樣品及20例正常對(duì)照組的全血樣品，分別提取DNA后進(jìn)行PCR擴(kuò)增。利用系列2樣品的DNA擴(kuò)增產(chǎn)物對(duì)

3、上述在系列1中篩選出的可能致病性突變位點(diǎn)進(jìn)行質(zhì)譜驗(yàn)證。
　　結(jié)果：1.本研究在系列1樣品的芯片測(cè)序中共發(fā)現(xiàn)了102個(gè)突變位點(diǎn)，分別位于43個(gè)基因，其中大部分突變類型為錯(cuò)義突變（66，64.71％），所有的突變位點(diǎn)中最常見(jiàn)的為APC突變位點(diǎn)（20/102）。所有的突變位點(diǎn)中共有22個(gè)致病性突變位點(diǎn)，20個(gè)可疑致病性突變位點(diǎn)，27個(gè)良性突變，12個(gè)可疑良性突變和21個(gè)意義不明突變。在致病性突變位點(diǎn)中大部分位點(diǎn)位于APC（17/22，7

4、7.3%），22個(gè)位點(diǎn)中有9個(gè)位點(diǎn)為新發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)，并且攜帶有APC突變位點(diǎn)的腸癌患者診斷年齡（55.0±17.3歲）明顯早于沒(méi)有APC突變的患者（70.5±7.6歲）（P＝0.03）。2.在系列2樣品中驗(yàn)證的新發(fā)現(xiàn)的65個(gè)驗(yàn)證位點(diǎn)中有17個(gè)位點(diǎn)在系列2的樣品中重復(fù)出現(xiàn)，其中有3個(gè)位點(diǎn)只在腸癌樣品中檢測(cè)到，而在息肉和正常人中均未發(fā)現(xiàn)。
　　結(jié)論：1.在結(jié)直腸癌及息肉樣品里最常見(jiàn)的突變基因均為APC，且APC突變位點(diǎn)多為致病性突變；