河南省乙型腦炎病毒的分離鑒定及E基因進化分析.pdf

1、流行性乙型腦炎（Japanese Encephalitis，JE）是由嗜神經的乙型腦炎病毒(Japanese Encephalitis Virus，JEV)引起的人畜共患的中樞神經系統(tǒng)性傳染病。豬被認為是流行性乙腦病毒在自然界中最主要的貯存、增殖宿主。在豬群中，乙型腦炎雖不具有高致死率，但它感染后能引起母豬繁殖障礙、公豬發(fā)生急性睪丸炎、還會導致仔豬死亡，從而給養(yǎng)豬業(yè)造成巨大損失。同時，豬群中的乙腦病毒經蚊媒傳播可導致人群及動物感染，危害

2、公共衛(wèi)生安全。
　　 JEV屬于黃病毒科黃病毒屬，是單股正鏈RNA病毒，基因組全長約11Kb，含有一個開放閱讀框，編碼一個多聚前體蛋白，成熟切割后可形成3個結構蛋白（核衣殼蛋白C、膜蛋白M、囊膜蛋白E）及7個非結構蛋白。其中，E蛋白是JEV的主要結構蛋白之一，在保護性免疫及防制病毒感染中起著重要作用。
　　 本實驗從河南省部分規(guī)模化豬場采集母豬流產死胎腦脊液作為樣本，通過細胞培養(yǎng)分離乙型腦炎病毒毒株。RT-PCR擴增E蛋

3、白基因，經基因克隆后測序，將測序結果與減毒疫苗株SA14-14-2E蛋白基因進行相似性比對，結果表明擴增基因與參考毒株的E基因序列均具有95.5％以上的相似性，同源性較高，最終確定三株分離株BY-1、ZY-2、ZMD-3確為乙型腦炎病毒，分別命名為CSF.BY-1、CSF.ZY-2、CSF.ZMD-3。
　　 JEV為RNA病毒，由于其基因組在復制過程中缺少校正機制而容易發(fā)生變異。JEV重要的結構蛋白囊膜糖蛋白E，參與病毒的很多

4、重要功能，這一區(qū)域具有很好的保守性和充分的變異機會。因此本實驗針對分離株E蛋白的核苷酸和氨基酸序列進行進化分析，以深入了解其遺傳特性和變異情況。
　　 本實驗從GenBank中選擇乙腦流行的多個國家和地區(qū)的包括各個基因型的18株病毒的E基因序列，另選1株墨累河谷腦炎病毒株(MVEV)作為外群，以NJ(Neighbor Joining)法，分別以核苷酸序列和氨基酸序列為基礎使用MEGA3.1構建進化樹，對分離株E基因進行進化分析。

5、使用DNAstar軟件包的MegAlin及在線比對工具MultAlin對三株分離毒的E蛋白核苷酸序列和氨基酸序列與參考毒株序列進行比對，以得到分離株與參考株之間的序列相似度及核苷酸和氨基酸突變情況。結果表明分離株CSF.BY-1、CSF.ZY-2、CSF.ZMD-3均為基因Ⅲ型乙腦病毒，與參考株JEV有著較高的同源性，核苷酸序列相似性在92.1％-95.9％之間，氨基酸序列相似性在72.1％-77.3％之間，共有19個位點的核苷酸發(fā)生堿