基于DArT技術的大黃魚生長相關分子標記篩選.pdf

1、大黃魚(Larimichthys crocea，Largeyellow croaker)是我國主要的海產(chǎn)經(jīng)濟魚類。主要產(chǎn)于我國浙江、福建、廣東沿海。近二十年來，由于過度捕撈，野生大黃魚在我國頻臨絕跡。為了保護大黃魚魚種質(zhì)資源和滿足消費者需求，大黃魚人工養(yǎng)殖活動逐漸展開。因多年未加選育的累代養(yǎng)殖，養(yǎng)殖大黃魚生長緩慢，性早熟、免疫力低下，等，因此急需對養(yǎng)殖大黃魚進行遺傳改良。然而，大黃魚經(jīng)濟性狀，如生長、性別決定、抗病力、和抗逆性等大多數(shù)表

2、現(xiàn)為數(shù)量性狀。傳統(tǒng)選育方法是依據(jù)表型進行選擇，周期長、效率低，因此需利用分子標記技術從基因型層面，篩選與經(jīng)濟性狀相關分子標記，輔助選育，以提高育種效率。其中生長作為重要的經(jīng)濟性狀之一，可直接降低養(yǎng)殖成本和勞動力投入，有助于經(jīng)濟效益的提高。本研究構建了大黃魚基因組文庫，并采用分離群體分組分析法結合DArT技術篩選生長相關的特異性標記。主要研究結果如下：
　　以“東海1號”為實驗材料，測量了199個個體的體長，最大值為16.30cm、

3、最小值為11.50cm，均值為13.45cm，標準偏差1.3367，峰度為0.192，偏度為-0.210，Shapiro-Willie正態(tài)分布檢驗p=0.257，符合正態(tài)分布（p>0.05）。建立關于體長的正態(tài)分布圖，取體長位于10％的高值個體記為“極端大群體”，10%低值個體記為“極端小群體”，用于與生長相關DArT標記的初步篩選。
　　使用7種基因組DNA復雜性降低方法（PstI/AluI、PstI/BanII、PstI/Bs

4、p1286I、PstI/BstNI、PstI/HaeIII、PstI/RsaI、PstI/TaqI），并分別構建大黃魚基因組文庫。各文庫庫容分別為8×105，1×106、4×106、1.2×106、4×106、4×106、1.2×106，平均插入片段大小為886bp、691bp、820bp、607bp、623bp、765bp、721bp。因此，所構建的文庫符合后續(xù)實驗要求。
　　以7個文庫各840個克隆為模板制作探針，點制高密度芯

5、片。并對大黃魚基因組的7種基因組DNA復雜性降低方法進行了多態(tài)性率的驗證。結果由高到低依次為PstI/RsaI17.62%；PstI/TaqI16.67%；PstI/BstNI14.17%；PstI/BanII13.93%；PstI/HaeIII13.10%；PstI/Bsp1286I8.10%；PstI/AluI6.90%，驗證數(shù)據(jù)表明PstI/RsaI降低大黃魚基因組復雜性的效果最好，其次為PstI/TaqI。
　　從PstI

6、/RsaI代表性片段文庫中隨機挑取3360個克隆，擴增其插入片段作為探針，點制成篩選型芯片?！皹O端大群體”與“極端小群體”分別進行雜交，對獲得的熒光值采用模糊C-均值聚類分析法(模糊度為1.5)及ANOVA獲得0或1標記，根據(jù)二元矩陣進行聚類分析，結果顯示聚類關系與分組一致。從矩陣中篩選獲得18個候選多態(tài)性片段，作為生長相關候選DArT標記。以上結果為后續(xù)進一步驗證生長相關DArT標記奠定基礎。
　　本實驗為大黃魚的遺傳育種工作提