兔卵巢數(shù)字基因表達譜的構(gòu)建及繁殖相關(guān)基因的篩選.pdf

1、本試驗以我國著名地方品種兔—哈爾濱白兔(Harbin white rabbit)及世界著名中型肉用品種兔—加利福尼亞兔(Californian Rabbit)為研究對象，構(gòu)建2個不同發(fā)育時期的哈爾濱白兔卵巢數(shù)字基因表達譜(Distal gene expression，DGE)及1個經(jīng)產(chǎn)加利福尼亞兔卵巢DGE。運用RNA高通量測序技術(shù)(RNA-seq)對構(gòu)建的文庫進行測序，并對結(jié)果進行生物信息學分析。運用熒光實時定量RT-PCR技術(shù)對隨機

2、選取的6個差異表達基因進行了表達驗證。
　　上述研究獲得以下主要結(jié)果:
　　1、構(gòu)建低產(chǎn)加利福尼亞兔(poor)，高產(chǎn)哈爾濱白兔(prolific)及未達到性成熟哈爾濱白兔(neanic)卵巢DGE測序文庫，經(jīng)測序分析分別得到7，159，832，7，637，178和7，596，342條原始Tag。去掉雜質(zhì)標簽后得到clean tag分別為7，079，460，7，469，924和7，388，202條，占總tag數(shù)的98.88％

3、，97.81％和97.26％。之后，以兔轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫為DGE分析的參照數(shù)據(jù)庫，進行了基因注釋和標準化分析。
　　2、對比neanic和poor DGE數(shù)據(jù)，以poor為對照，在neanic中共篩選到1610個差異表達基因，其中上調(diào)表達的有1284個，下調(diào)表達的有326個。在這些差異表達的基因中，差異表達倍數(shù)達10倍以上的共有5個，其中上調(diào)表達的有4個，下調(diào)表達的有1個。上調(diào)表達的基因差異倍數(shù)最高達12倍，下調(diào)表達的基因差異倍數(shù)最高

4、達11.95倍，但以差異倍數(shù)2-4倍的居多。
　　3、對比neanic和prolific DGE數(shù)據(jù)，以prolific為對照，在neanic中共篩選到882個差異表達基因，其中上調(diào)表達的有727個，下調(diào)表達的有158個。在這些差異表達的基因中，差異表達倍數(shù)達5倍以上的24個，其中上調(diào)表達的有16個，下調(diào)表達的有8個。上調(diào)表達的基因差異倍數(shù)最高達11.88倍，下調(diào)表達的基因差異倍數(shù)最高達9.442倍，但以差異倍數(shù)1-3倍的居多。<

5、br>　　4、對比prolific和poor DGE數(shù)據(jù)，以prolific為對照，在poor中共篩選到321個差異表達基因，其中上調(diào)表達的有180個，下調(diào)表達的有141個。在這些差異表達的基因中，差異表達倍數(shù)達10倍以上的共有5個，其中上調(diào)的有4個，下調(diào)的有1個，上調(diào)表達的基因差異倍數(shù)最高達12.04倍，下調(diào)表達的基因差異倍數(shù)最高達12.25倍，但以差異倍數(shù)2-3倍的居多。
　　5、對差異表達基因進行GO功能注釋，在poor/n

6、eanic對比組中，共篩選到69個顯著富集的Go Terms。在這些差異基因顯著富集的Go Terms中，有11個與細胞組成有關(guān)，20個與分子功能相關(guān)，38個與生物學過程相關(guān);在prolific/neanic對比組中共篩選到篩選67個顯著富集的Go Terms，18個與細胞組成有關(guān)，17個與分子功能相關(guān)，32個與生物學過程相關(guān);在prolific/poor對比組中，共篩選到18個差異基因顯著富集的Go Terms，其中2個與細胞組成有關(guān)

7、，1個與分子功能相關(guān)，15個與生物學過程相關(guān)
　　6、Pathway通路分析表明，在prolific/neanic對比組中差異基因顯著富集的pathway通路共25個;在poor/prolific對比組中差異基因顯著富集的pathway通路共27個。
　　7、Pathway富集分析顯示，在對比組prolific/neanic中，差異表達基因顯富集在與細胞生長分裂相關(guān)的細胞周期、DNA復制、孕激素介導的卵母細胞成熟和卵母細胞減

8、數(shù)分裂信號通路中的個數(shù)分別為21、6、13、13個;差異基因富集在與信號傳導相關(guān)的NOD-樣受體信號通路、刺猬信號通路、胞質(zhì)DNA傳感通路、P53信號通路和TOLL-樣受體信號通路中的個數(shù)分別為12、8、7、10個;差異基因富集于類固醇的生物合成、類固醇激素的生物合成和維生素B6代謝通路中的個數(shù)分別為4、7、2個。
　　8、Pathway富集分析顯示，在對比組poor/prolific中，差異表達基因顯著富集在與代謝相關(guān)的代謝途徑

9、、果糖甘露糖代謝、谷胱甘肽代謝、丙酮酸代謝、脂肪酸合成代謝、半乳糖代謝、硫代謝、細胞色素P450所介導的藥物代謝及細胞色素P450所介導的外源物質(zhì)代謝通路中的個數(shù)分別為40、6、5、4、2、3、2、5、7個;差異基因富集在類固醇生物合成、類固醇激素生物合成和腎素-血管緊張素系統(tǒng)中的個數(shù)分別為4、6、3個。此外，差異基因在ABC轉(zhuǎn)運蛋白、PPAR信號通路和脂肪細胞因子信號通路中的個數(shù)分別為4、7、5個。
　　9、通過對poor/pr