基因芯片技術(shù)用于鼻咽癌及其放療敏感性的研究.pdf

1、鼻咽癌是一種上皮源性惡性腫瘤，絕大多數(shù)屬于低分化鱗狀細胞癌，惡性程度高，早期易發(fā)生淋巴結(jié)和全身遠處轉(zhuǎn)移，具有相當高的死亡率。在一些地區(qū)，特別是中國南部地區(qū)，鼻咽癌的發(fā)生非常普遍，其發(fā)生率是世界其他地區(qū)的10-30倍。已知的鼻咽癌的病因主要包括基因的易感性，環(huán)境中的致癌的化學物質(zhì)，以及EB病毒的感染。放療是鼻咽癌治療的主要方法，而放療后5年的生存率只有50-60％。在大多數(shù)病例中放療抑制性成為阻礙治療的一個重大障礙。所以找出放療敏感型和抑

2、制型之間的差異，提前預測放療抑制型的病人，做出新的治療方案能為鼻咽癌的治療提供必要的幫助。
　　我們利用能夠檢測14112個人類基因的cDNA芯片，對20例鼻咽癌病人組織樣本與15例鼻咽慢性炎癥病人組織樣本進行表達譜分析比較。我們用ScanArray4000對芯片進行掃描，GenePix Pro3.0軟件被用于芯片型號強度的分析和篩選。在完成芯片數(shù)據(jù)的歸一化及篩選修補處理之后，利用SAM軟件及Cluster軟件進行差異基因的分析及

3、聚類分析。
　　表達譜芯片的分析結(jié)果顯示，9個基因(q＜0.01)至少在17例(85％)鼻咽癌組織中有2倍差異表達，其中8個下調(diào)基因(TAOK3，SLC16A2，PRB4，AMY2B，B3GALT4，MSMB，RPS27，CR2)，1個上調(diào)基因(MXLIP)。為了進一步研究，我們選用CR2和MXLIP在另外50例低分化鼻咽癌組織中進行real-timeRT-PCR驗證。通過另外3例鼻咽慢性炎癥組織的表達譜比較，real-time

4、RT-PCR結(jié)果與芯片實驗結(jié)果相同，CR2在41例(82％)鼻咽癌組織中下調(diào)，MXLIP在42例(84％)鼻咽癌組織中上調(diào)。
　　隨后，我們將這20例鼻咽癌病例對放療敏感性進行分類，有8例鼻咽癌敏感型的病人組織樣本與12例鼻咽癌放療抑制型的病人組織樣本。通過對這兩組病人的表達譜數(shù)據(jù)進行比較，我們篩選出了111條在鼻咽癌放療抑制型組織和敏感型組織中差異表達的基因，其中包括108條在抑制型中上調(diào)基因(ZNF608，PIZEO2，CSF

5、1R等)和3條在抑制型中下調(diào)基因(ATP2C1，MUDENG，OLA1)。為了驗證芯片結(jié)果的可靠性，我們應用定量RT-PCR的方法，在另外17例鼻咽癌病人樣本中檢測了差異表達基因ZNF608以及CSF1R的表達情況，RT-PCR結(jié)果與芯片結(jié)果吻合。
　　我們將這些差異表達基因輸入GenMAPP軟件進行生物學通路分析。在通路分析中，我們發(fā)現(xiàn)了9類26條生物學通路與鼻咽癌的放療抑制性有關(guān)。大部分靶基因富集與細胞離子平衡，細胞因子及免疫