中華鋸齒米蝦色素沉積相關(guān)基因的發(fā)掘與證明.pdf

1、中華鋸齒米蝦（Neocaridina denticulata sinensis）廣泛分布于亞洲淡水水域，因其體色豐富多樣，自2003年開始成為一種重要的觀賞蝦。但是其體色的分子遺傳基礎(chǔ)尚未知。在觀賞中華鋸齒米蝦中，紅、黃和透明3種純色品系的體色遺傳最穩(wěn)定。因此，本文通過比較紅、黃和透明3種純色米蝦皮膚組織的轉(zhuǎn)錄組，獲得了大量體色差異表達(dá)基因，并利用qPCR在純色品系和琉璃蝦中對重要候選基因進(jìn)行驗(yàn)證。希望為揭示米蝦體色遺傳機(jī)制提供資料。主

2、要研究結(jié)果如下:
　　1.一共獲得了268，629，208個clean reads，經(jīng)TRINITY軟件拼接后獲得45，434條Unigenes。Unigene的平均長度為837bp，N50為1551bp。與NCBI nr、Swiss-prot、KOG和Kegg數(shù)據(jù)庫比對后，共有19，992條Unigenes獲得注釋。
　　2.通過對3種純色品系米蝦皮膚轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá)量分析，共得到14，915個差異表達(dá)Unigene。核糖

3、體蛋白基因、actin、calmodulin、EF1α和AK等基因可能通過色素遷移及色素體狀態(tài)維持這一細(xì)胞學(xué)過程引起米蝦體色差異。紅色品系的鳥嘌呤合成通路高表達(dá)，表明米蝦紅色素的主要成分可能是蝶啶類色素。黃色品系沒有顯著高表達(dá)色素合成通路，但是甲殼藍(lán)蛋白基因在黃色品系米蝦中高表達(dá)，表明米蝦黃色素可能與類胡蘿卜素有關(guān)。
　　3.通過與已知果蠅、家蠶和赤擬谷盜體色基因的比對發(fā)現(xiàn)了大量可能參與色素沉積的基因，其中包括黑色素、眼色素、蝶呤

4、等合成酶系及其調(diào)節(jié)基因并從中篩選出25條與體色相關(guān)的候選基因。利用實(shí)時熒光定量PCR獲得25條候選基因在紅、黃和透明3種純色品系及在2種琉璃蝦的表達(dá)模式。3種純色品系的RT-qPCR結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組RPKM值的高低趨勢吻合。
　　4.原位雜交實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，ebony、GC-I、 SPR和XDH基因在米蝦的復(fù)眼期幼體和仔蝦階段均有表達(dá)，而在無節(jié)幼體階段沒有檢測到表達(dá)信號。在色素沉積過程中，米蝦這4個基因可能具有與其昆蟲的同源基因類似的作