豬脂肪沉積相關(guān)miRNA初步篩選.pdf

1、MicroRNAs(miRNAs)是在真核生物中發(fā)現(xiàn)的一類內(nèi)源性的具有調(diào)控功能的非編碼RNA，其大小長約20～25個核苷酸。成熟的miRNAs是由較長的初級轉(zhuǎn)錄物經(jīng)過一系列核酸酶的剪切加工而產(chǎn)生的，隨后組裝進RNA誘導的沉默復合體，通過堿基互補配對的方式識別靶mRNA，并根據(jù)互補程度的不同指導沉默復合體降解靶mRNA或者阻遏靶mRNA的翻譯。最近的研究表明miRNA參與各種各樣的調(diào)節(jié)途徑，包括發(fā)育、病毒防御、造血過程、器官形成、細胞增殖

2、和凋亡、脂肪代謝等等。
　　為了對沂蒙黑豬肝臟中調(diào)節(jié)脂肪沉積的miRNA進行初步篩選，本研究以四頭沂蒙黑豬（其中母豬、閹豬各兩頭）肝臟組織為研究材料，分別構(gòu)建了母豬和閹豬兩個小RNA文庫，采用Illumina/Solexa高通量測序技術(shù)對構(gòu)建的兩個文庫分別進行測序，并對測序數(shù)據(jù)進行了質(zhì)量檢測，長度分布統(tǒng)計并篩選出了在兩個文庫中差異表達的miRNA進行把基因預測、基因功能注釋和KEGG通路分析。通過Solexa高通量測序取得結(jié)果如下

3、:在母豬和閹豬兩個文庫中分別獲得5894364和6435206純凈序列讀數(shù)，分別占其總讀數(shù)的54.67％和60.2％。小RNA長度分布統(tǒng)計結(jié)果表明:兩個文庫中小RNA序列主要分布在21-23nt之間，22nt序列最多，在兩個文庫中分別占27.32％和28.78％。其次為21nt和23nt。不同片段長度的小RNA在兩個文庫中呈現(xiàn)差異分布。通過Solexa高通量我們發(fā)現(xiàn)共167個miRNA在不同性別豬中表達豐度高且呈現(xiàn)差異表達模式，生物信息

4、學分析表明:這些差異表達的miRNA的靶基因參與了肌動蛋白細胞骨架調(diào)節(jié)、MAPK信號通路、Notch、局部黏連、內(nèi)噬作用、白細胞跨內(nèi)皮遷移、神經(jīng)營養(yǎng)因子的信號轉(zhuǎn)導通路等信號通路。選取ssc-mir-4332、ssc-mir-4338、ssc-miR-127、ssc-miR-424、ssc-miR-194、ssc-miR-545、ssc-miR-22采用qRT-PCR進行表達量檢測，其結(jié)果顯示選取的miRNA皆差異顯著，其中ssc-mir

5、-4332、ssc-mir-4338、ssc-miR-127、ssc-miR-424下調(diào)，ssc-miR-194、ssc-miR-545、ssc-miR-22上調(diào)，與測序結(jié)果在兩種性別豬中表達一致。GO注釋結(jié)果表明，生物學過程中，有超過50％的基因被注釋到了信號傳導、蛋白質(zhì)磷酸化、轉(zhuǎn)運、代謝過程、氧化還原過程;細胞組分中主要注釋到細胞核和細胞質(zhì);分子功能主要被注釋到蛋白質(zhì)結(jié)合條目。
　　本研究結(jié)果初步確定了3個與脂肪沉積相關(guān)的重要