人臍靜脈內(nèi)皮細胞基因表達譜分析.pdf

1、研究背景： 內(nèi)皮細胞在人類許多重大疾病發(fā)生過程中處于重要的地位，例如冠心病、腫瘤等。冠心病是由于冠脈血管病變導致心肌細胞缺血、缺氧，使該支冠脈血管(包括微循環(huán))及所支配區(qū)域的心肌細胞凋亡、壞死，其中內(nèi)皮細胞的的應激、炎癥反應、脂質(zhì)沉積等病理生理過程是冠心病發(fā)生的重要機制。在腫瘤尤其是實體瘤的發(fā)生過程中，血管新生是腫瘤得以存活的重要因素，而血管新生的最主要過程即為內(nèi)皮細胞的生長，另外腫瘤的侵襲、轉(zhuǎn)移等過程，也有賴于內(nèi)皮細胞的參與。

2、因此可以看出，內(nèi)皮細胞在這些關乎人民健康的重大疾病的發(fā)生過程中占有重要的地位。 基因在疾病的發(fā)生發(fā)展過程中處于重要的地位已成為科學界的共識?；虮磉_的改變在內(nèi)皮細胞病變的過程中處于什么地位?發(fā)揮什么作用?——長期以來就是醫(yī)學領域中研究的重點和熱點。當前，對于內(nèi)皮細胞基因表達方面的研究較多，但是尚未見將內(nèi)皮細胞全部基因表達譜進行全部分析的報道。若能將內(nèi)皮細胞的所有表達基因進行分析，匯總和分類，分析這些表達基因所參與的病理生理功能及

3、在內(nèi)皮細胞中所發(fā)揮的作用，那將對基因治療運用于內(nèi)皮細胞具有重要的意義。 目的： 利用當前基因芯片高通量技術，全面分析人臍靜脈內(nèi)皮細胞的基因表達譜，對所有表達的基因進行生物信息學分析，匯總整理出與內(nèi)皮細胞相關的重要的基因、分子功能和信號通路。 方法： (1)應用人類HG-U133Aplus2.0芯片對人臍靜脈內(nèi)皮細胞的基因表達譜進行全面分析，進而就用熒光定量PCR方法對結(jié)果進行驗證。 (2)應用Mi

4、crosoftExcel、Milano、Go、PANTHER以及Genomatix等軟件和網(wǎng)站對基因表達譜進行分析、匯總及數(shù)據(jù)挖掘。 結(jié)果： (1)3張芯片所表達的基因&ESTs分別為21019個(占基因&ESTs總數(shù)的38.5％)、20339個(占基因&ESTs總數(shù)的37.2％)、21124個(占基因&ESTs總數(shù)的38.7％)。 (2)熒光定量PCR驗證5個基因，與芯片結(jié)果一致。 (3)3張芯片交集均

5、表達的基因芯片ID號共有14679個，代表了9014個明確基因和610個ESTs。 (4)文獻分析得知共有6415個基因未見有內(nèi)皮細胞方面的相關報道。 (5)Go分類后得知這些基因比較多的具有核酸結(jié)合、轉(zhuǎn)錄因子、激酶、細胞骨架與蛋白合成、轉(zhuǎn)運、連接酶功能。 (6)PANTHER分析表明，這些基因參與比較多的信號通路是Wntsignalingpathway，Integrinsignallingpathway，Inf

6、lammationmediatedbychemokineandcytokinesignalingpathway，Angiogenesis，PDGFsignalingpathway，Huntingtondisease，TGF-betasignalingpathway，EGFreceptorsignalingpathway，F(xiàn)GFsignalingpathway，Parkinsondisease，Apoptosissignalingpath

7、way，p53pathway。 (7)應用Genomatix網(wǎng)站分析后，可以得出較多的重要基因，這些基因中一部分是：Tp53，IL-1，NFкB，insulin，albumin，apolipoproteinA-Ⅰ，CD54，EGFR，F(xiàn)GF,CRP,TNF,SP1Transcriptfactor。 結(jié)論： (1)成功完成了人臍靜脈內(nèi)皮細胞的基因表達譜分析，得到9014個表達基因和610個ESTs(表達序列標簽)。

8、 (2)文獻分析后，有6812個基因在Pubmed數(shù)據(jù)庫中有報道，而其中有6415個基因與內(nèi)皮細胞之間沒有研究報道或較少報道，包含了可能參與內(nèi)皮細胞重要病理生理功能的基因。 (3)經(jīng)生物信息學分析表明：這些基因的功能主要集中在核酸結(jié)合、轉(zhuǎn)錄因子、激酶、細胞骨架與蛋白合成、轉(zhuǎn)運功能、連接酶功能。參與的信號通路主要與增殖、生長、腫瘤發(fā)生發(fā)展、血管新生、細胞凋亡等有關。主要的基因有Tp53，IL-1，NFкB，insulin，