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文檔簡(jiǎn)介
1、我們?cè)谏飳W(xué)研究過程中,經(jīng)常需要進(jìn)行序列同源性分析,就為了確定新測(cè)序列的生物屬性,主要方法就是將新序列加入到一組與之同源,但來自不同物種的序列中進(jìn)行多序列同時(shí)比較,以確定該序列與其他序列間的同源性大小。這是理論分析方法中最關(guān)鍵的一步,完成這一工作通常使用序列比對(duì)的方法。
本文中我們利用新一代測(cè)序(Next Generation Sequencing,NGS)技術(shù)對(duì)肝細(xì)胞癌(hepatocellular carcinoma,HC
2、C)患者活檢標(biāo)本及正常對(duì)照肝組織樣品進(jìn)行高通量RNA測(cè)序(RNA-Sequencing,RNA-Seq),在肝癌樣品中染色體11q13.1區(qū)域檢測(cè)到幾個(gè)相鄰的RNA-Seq信號(hào)峰,而在正常對(duì)照組織中沒有檢測(cè)到,且該染色體區(qū)域目前尚無已知基因登錄,提示這幾個(gè)RNA-Seq峰可能代表一個(gè)或多個(gè)未知的新基因.我們以此為線索,證實(shí)這幾個(gè)RNA-Seq峰來自同一個(gè)新基因,并克隆了該基因全長(zhǎng)序列,在克隆該基因全長(zhǎng)序列時(shí),我們發(fā)現(xiàn)該基因編碼的RNA存
3、在多種剪接形式,最長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄本為3562 bp.我們將該基因編碼的12條代表性RNA轉(zhuǎn)錄本序列遞交到美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的GenBank數(shù)據(jù)庫中,GenBank ID號(hào)分別為KC136297~KC136308.該基因編碼的RNA沒有發(fā)現(xiàn)明顯的開放閱讀框(open reading fragment,ORF),提示該基因可能編碼長(zhǎng)鏈非編
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