基于轉錄組數據的昆蟲特異性序列及非編碼RNA基因的發(fā)現.pdf_第1頁
已閱讀1頁,還剩68頁未讀 繼續(xù)免費閱讀

下載本文檔

版權說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內容提供方,若內容存在侵權,請進行舉報或認領

文檔簡介

1、大規(guī)模測序產生越來越多的物種序列信息,從這些序列信息中發(fā)掘昆蟲特異性的新基因有助于搜尋特異性的害蟲基因沉默控制新靶標,同時對新基因產生的機制,結構及功能進行研究具有重要的意義。
   本文對4種鱗翅目(二化螟、三化螟、稻縱卷葉螟、甜菜夜蛾)和4種同翅目(褐飛虱、灰飛虱、煙粉虱、白背飛虱)害蟲的轉錄組數據進行了生物信息學分析。利用Blast對兩個目的轉錄組數據進行注釋。同時,從GenBank數據庫中獲得人、小鼠、雞、牛、狗、豬、斑

2、馬魚、家蠶、蜜蜂、赤擬谷盜、果蠅、按蚊、豌豆芽、線蟲、啤酒酵母15個物種的基因序列,將兩個目中的昆蟲基因序列與上述15個物種的基因序列進行同源性比對分析,從中尋找出兩個目中的特異性序列,并對這些特異性序列進行GO分析,為害蟲基因沉默控制提供前期序列基礎。
   目前,研究人員已明確發(fā)現非編碼RNA在生物體生命過程中的作用不容小覷。本文先利用PORTRAIT軟件對兩個目的害蟲轉錄組進行非編碼RNA的預測,然后將預測結果與常用的非編

3、碼RNA數據庫(NONCODE、RFAM、RNADB)進行同源性比對,最終確定在昆蟲轉錄組數據中存在的的非編碼RNA。研究發(fā)現,除了在白背飛虱中發(fā)現的非編碼RNA數目相對較多外,其他物種中的非編碼RNA都比較少。分析認為,非編碼RNA在序列上沒有蛋白編碼基因保守,基于序列保守性的同源分析可能無法有效地發(fā)現非編碼RNA。另一方面,solexa測序策略可能不利于非編碼RNA基因序列的富集,丟掉了大量的非編碼RNA基因信息,轉錄組可能不是用于

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網頁內容里面會有圖紙預覽,若沒有圖紙預覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經權益所有人同意不得將文件中的內容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內容的表現方式做保護處理,對用戶上傳分享的文檔內容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內容負責。
  • 6. 下載文件中如有侵權或不適當內容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評論

0/150

提交評論