桉樹EST-SNP的開發(fā)及EST圖譜構(gòu)建.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、本研究利用4種方法，對桉樹EST-PCR產(chǎn)物的純化效果和測序結(jié)果進行了比較。對測序試劑盒的不同用量的測序結(jié)果的分析。結(jié)果以乙醇-醋酸鈉法純化和Bigdye 1/1 6或1/32用量的測序方案，具有成本低和操作簡便的優(yōu)點，適合96孔板或384孔板大規(guī)模EST-PCR產(chǎn)物的測序。
　　 從NCBI網(wǎng)站下載EST序列，設計引物2500對，在尾葉桉中有1684對成功擴增，引物通用率為67.36％。通過對EST-PCR產(chǎn)物直接測序，成功測

2、序有1197條EST，測序成功率為71.08％。其中在526條EST中共發(fā)現(xiàn)1456個SNPs，平均每404 bp有一個SNP。擴增產(chǎn)物序列與原EST序列的同源性在80％以上有719條，占到總測出序列的60.67％，來自外顯子區(qū)域發(fā)現(xiàn)有472個SNPs。比較不同來源的EST的SNP發(fā)生頻率，初步判斷出尾葉桉與不同桉樹種的親緣關系遠近。本研究表明在桉屬EST中開發(fā)SNP的潛力很大。
　　 以尾葉桉×細葉桉的2親本和132子代為作圖

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