豬JARID1C基因的克隆、生物信息學(xué)及組織表達(dá)譜分析.pdf

1、JARID1C是一個(gè)位于性染色體上的功能基因，它能在人和小鼠的失活X染色體上發(fā)生逃逸而具有活性。JARID1C編碼的蛋白是高度保守的ARID家族的成員之一，參與組蛋白修飾、染色質(zhì)重塑和轉(zhuǎn)錄調(diào)控。最新的研究表明，JARID1C蛋白對(duì)人腦的正常發(fā)育和功能維持具有重要作用。對(duì)JARID1C基因的克隆測(cè)序和初步分析，可以為研究豬的JARID1C基因的生物學(xué)功能和品種改良提供基礎(chǔ)的基因信息，也為研究人的腦部疾病建立動(dòng)物試驗(yàn)?zāi)Ｐ吞峁┽t(yī)學(xué)參考。

2、 本文采用電子克隆的方法，結(jié)合RT-PCR和RACE技術(shù)，獲得了豬JARID1C基因的cDNA全序列。利用生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)了該蛋白的結(jié)構(gòu)和功能，并進(jìn)行了同源序列多重比對(duì)和分子系統(tǒng)發(fā)生分析。利用實(shí)時(shí)熒光定量(Real-time)PCR技術(shù)分析了豬JARID1C基因的mRNA在不同組織的相對(duì)表達(dá)水平。 1 JARID1C基因的克隆測(cè)序 用人的JARID1C基因的cDNA全序列作為電子探針，分別從NCBI的dbEST和Un

3、iGene數(shù)據(jù)庫(kù)鈞取了共20條豬的EST序列，將其輸入DNAstar-SeqMan程序，最后拼接出2個(gè)重疊群(Contig)序列。在此基礎(chǔ)上，利用Oligp6.0軟件手動(dòng)設(shè)計(jì)引物，借助RT-PCR和RACE技術(shù)一方面驗(yàn)證了電子克隆的正確性；另一方面擴(kuò)增出cDNA全序列，長(zhǎng)度為5908bp，GenBank登錄號(hào)為EF139241。 2 JARID1C蛋白的生物信息學(xué)分析 借助生物信息學(xué)網(wǎng)絡(luò)資源和軟件，預(yù)測(cè)出豬JARID1C

4、基因開(kāi)放閱讀框的長(zhǎng)度為4548bp，編碼1516個(gè)氨基酸殘基，且兩側(cè)分別是522bp的5’UTR和835bp的3’UTR。通過(guò)對(duì)蛋白序列相似性檢索，預(yù)測(cè)出豬JARID1C蛋白不合有信號(hào)肽，不含有跨膜區(qū)，定位于細(xì)胞核中，而且確定其含有：JmjN，ARID，JmjC，C5HC2，PLU-1和PHD zincfingerd等多個(gè)保守結(jié)構(gòu)域。推測(cè)豬JARID1C蛋白是一種核蛋白，具有DNA結(jié)合活性，參與染色質(zhì)修飾和基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控。 3 R