廣西桂北地區(qū)HIV-1流行毒株的基因序列測(cè)定和亞型分析.pdf

1、目的: 對(duì)廣西自治區(qū)桂北地區(qū)流行的艾滋病(AIDS)病毒1型(HIV-1)進(jìn)行分子流行病學(xué)調(diào)查,為艾滋病預(yù)防控制策略的制定提供依據(jù),為桂北地區(qū)乃至全國(guó)的艾滋病預(yù)防控制工作提供有價(jià)值的資料。
　　方法: 在廣西自治區(qū)桂林市、來(lái)賓市兩地對(duì)80名 HIV-1感染者/AIDS患者進(jìn)行問(wèn)卷調(diào)查,收集他們的人口學(xué)資料、感染及確認(rèn)時(shí)間等流行病學(xué)資料,并采集研究對(duì)象抗凝全血樣品10ml,分離PBMC并提取DNA,用巢式聚合酶鏈反應(yīng)擴(kuò)增HIV-1病

2、毒env基因C2-V3區(qū),對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行純化回收,使用ABI公司的熒光標(biāo)記末端終止物循環(huán)測(cè)序試劑盒,在PE公司377型DNA測(cè)序儀用D3引物進(jìn)行序列測(cè)定。對(duì)測(cè)得的序列用SeqEd和DNA軟件等進(jìn)行編輯校正,序列的排列、比較、同源性分析使用美國(guó)威斯康星 GCG軟件包等。
　　結(jié)果: 1.標(biāo)本來(lái)源和擴(kuò)增情況:本次實(shí)驗(yàn)共采集 HIV-1抗體陽(yáng)性感染者血標(biāo)本80份,提取前病毒DNA,經(jīng)巢式(nested)PCR擴(kuò)增HIV-1病毒env基因

3、C2-V3區(qū)后,80份標(biāo)本中最終擴(kuò)增得到55份樣品的env基因C2-V3區(qū)序列(擴(kuò)增率68.75％),55份標(biāo)本中有16份有靜脈吸毒史、34份有性亂史、2份有非法獻(xiàn)血史、3份感染途徑不詳。
　　2.基因亞型分析:發(fā)現(xiàn)55份 HIV-1病毒 env基因 C2-V3區(qū)序列中CRF01-AE重組亞型占14.55%(8/55),CRF08-BC重組亞型占41.82%(23/55), C亞型占7.27%(4/55),CRF07-BC重組亞型

4、占34.55%(19/55),B亞型占1.82%(1/55)。8株CRF01-AE重組亞型與泰國(guó)代表毒株THCM240接近,平均離散率為7.68%。23株 CRF08-BC重組亞型與08-BC.CN.97.97CN GF-7F接近,平均離散率為6.29%。4株C亞型與C.95IN21068接近,平均離散率為8.69%。19株CRF07-BC重組亞型與CRF07-BC.CN97.CN54接近,平均離散率為6.92%。本實(shí)驗(yàn)測(cè)出亞型與其他亞

5、型標(biāo)準(zhǔn)參考株的平均離散率>20%。系統(tǒng)樹分析進(jìn)一步證實(shí)了各毒株之間的亞型關(guān)系。
　　3.HIV-1病毒env基因C2-V3區(qū)基因離散率分析:分別計(jì)算50份樣本毒株C2-V3區(qū)基因及其臨近區(qū)域、C2區(qū)和V3區(qū)的平均離散率。結(jié)果顯示:C2基因區(qū)的平均離散率均大于V3基因區(qū),經(jīng)統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)兩者差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),說(shuō)明C2區(qū)變異明顯比V3區(qū)大。
　　4.C2-V3區(qū)及其臨近基因區(qū)氨基酸序列變異分析:將包含C2-V3區(qū)序

6、列的8株CRF01-AE重組亞型,23株CRF08-BC重組亞型,19株CRF07-BC重組亞型的核苷酸序列分別翻譯為氨基酸序列并產(chǎn)生共享序列。結(jié)果顯示CRF01-AE重組亞型V3環(huán)頂端四肽呈現(xiàn)四種類型:GPGQ、GPGR、GPGH和GRGE,以GPGQ為主;CRF08-BC重組亞型V3區(qū)的氨基酸變異比較少,只有一種GPGQ類型;CRF07-BC重組亞型V3區(qū)的氨基酸變異有GPGQ和GRGE兩種。
　　結(jié)論: 1.對(duì)桂北地區(qū)經(jīng)巢式

7、(nested)PCR擴(kuò)增出的55份HIV-1感染者或者艾滋病病人的PBMC中前病毒DNA的env基因C2-V3區(qū)及兩側(cè)核苷酸序列進(jìn)行測(cè)定分析,共發(fā)現(xiàn) CRF01-AE、CRF-BC(CRF07-BC、CRF08-BC)、C和B四種亞型,提示桂北地區(qū)HIV-1毒株亞型的多樣性。
　　2.從研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)CRF08-BC、CRF07-BC在性途徑感染者中出現(xiàn),推測(cè)桂北地區(qū)的傳染趨勢(shì)已經(jīng)由特殊人群向普通人群擴(kuò)散,靜脈吸毒感染者可能是向普

8、通人群傳染的橋梁。
　　3.對(duì)桂北地區(qū)CRF01-AE重組毒株分析發(fā)現(xiàn),其V3環(huán)頂端四肽呈現(xiàn)四種類型:GPGQ、GPGR、GPGH和GRGE,其中以GPGQ為主;CRF07-BC重組毒株V3頂端環(huán)四肽呈現(xiàn)的類型有GPGQ和GRGE兩種,這為研發(fā)新診斷試劑和HIV-1疫苗的研發(fā)設(shè)計(jì)提供了參考。
　　4.從桂北地區(qū)樣本的基因離散率來(lái)看,占優(yōu)勢(shì)的CRF-BC亞型樣本之間的基因離散率最多為14.89%,推算CRF-BC亞型毒株在桂北