上海市HIV-1主要流行株近全長(zhǎng)序列分析與HIV-HCV合并感染者中HCV基因亞型的分布.pdf

1、人類免疫缺陷病毒1型(HIV-1)是導(dǎo)致人獲得性免疫缺陷綜合征(AIDS)的病原體。我國(guó)HIV/AIDS流行呈快速上升趨勢(shì)。HIV分為HIV-1和HIV-2型，HIV-1的M群至少包含11個(gè)亞型，其中CRF01-AE重組型在全國(guó)所占比例也有所增加，在上海HIV-1CRF01-AE重組型為主要的流行株。HIV感染和丙型肝炎病毒感染有著相似的傳播途徑如經(jīng)血傳播、性傳播和母嬰傳播，因此HIV和HCV混合感染很常見(jiàn)。 本研究中，我們應(yīng)用

2、巢式逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)方法，分段擴(kuò)增HIV-1近全長(zhǎng)基因組相應(yīng)片段，進(jìn)行克隆、測(cè)序，并進(jìn)行遺傳進(jìn)化樹(shù)和序列斷點(diǎn)位置。我們還對(duì)186份HCV病毒載量大于1000拷貝/ml的來(lái)自于河南、云南、新疆維吾爾自治區(qū)、吉林和遼寧省HIV-1/HCV合并感染人群標(biāo)本，用逆轉(zhuǎn)錄套式聚合酶鏈反應(yīng)方法擴(kuò)增病人血漿HCV核心基因區(qū)并進(jìn)行基因亞型分型，同時(shí)檢測(cè)病人的HIV-1和HCV載量以及CD4+T細(xì)胞計(jì)數(shù)。主要結(jié)果如下： 1、完成了

3、5株HIV-1CRF01-AE、1株URF01-AE/B近全基因組克隆，建立了HIV-1CRF01-AE、URF01-AE/B近全基因組擴(kuò)增平臺(tái)。 2、系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析表明，所有5條近全長(zhǎng)基因序列與CRF-01AE參考株聚在一起．pol、gag、env三個(gè)結(jié)構(gòu)基因區(qū)的組內(nèi)基因離散率均低于泰國(guó)分離株；所有克隆序列未出現(xiàn)基因水平的重組，對(duì)蛋白酶和逆轉(zhuǎn)錄酶的藥物依然敏感。 3、一株為由CRF01_AE和HIV-1B’亞型嵌合組成

4、，兩者各占約50％。其多聚酶蛋白基因(Pol)和外膜糖蛋白基因(Env)區(qū)均有HIV-1B’亞型片段和CRF01_AE片段嵌合組成。2種亞型病毒DNA片段嵌合點(diǎn)的位置與過(guò)去報(bào)道的重組病毒株(CRF15_AE/B、CRF33_AE/B和CRF34_AE/B)均不同。 4、HCV不同基因亞型比例分別為1a(1.2％)，1b(39.9％)，2a(17.9％)，3a(10.4％)，3b(15.6％)，6a(1.2％)，6n(6.4％)和

5、6型未鑒定亞型(7.5％)。 5、HCV1b(69例)和2a(31例)主要流行于河南省既往有償獻(xiàn)血漿人員中；3a(18例)和3b(26例)亞型主要流行于新疆和云南靜脈注射吸毒人員(IDU)中；HCV6型(26例)主要流行于云南吸毒人員中； 6、1b型(69例)的HCV RNA水平顯著高于非1b亞型(104例)(P＜0.05)，但在HIV-1載量和CD4+T細(xì)胞數(shù)方面沒(méi)有顯著性差異(P＞0.05)。2a亞型(31例)的HI

6、V-1 RNA和HCV RNA水平顯著低于非2a亞型(142例)(P＜0.05)。 7、HIV-1/HCV合并感染人群中HCV基因亞型的流行和分布與流行地區(qū)和感染途徑有關(guān)。新的HCV6型亞型(13例)病毒株已經(jīng)在合并感染的IDU人群中存在。HCV基因亞型與HIV感染的疾病進(jìn)展之間無(wú)明顯相關(guān)性研究。首次開(kāi)展了上海市HIV-1CRF01-AE流行株、URF01-AE/B的近全基因組克隆及及序列測(cè)定，為本型病毒的病原學(xué)、變異特征、疫苗