鹽脅迫下紫桿檉柳cDNA文庫構(gòu)建及表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）分析.pdf

1、檉柳抗旱、耐鹽能力強(qiáng),因此是進(jìn)行耐鹽堿機(jī)理研究的良好材料,但目前,有關(guān)檉柳耐鹽堿的分子機(jī)理研究國內(nèi)外尚未見報(bào)道.該文為了研究檉柳的耐鹽機(jī)理構(gòu)建了0.4 mmol/L NaHCO<,3>脅迫處理的檉柳cDNA文庫,隨機(jī)選取重組克隆測序,用表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)方法研究NaHCO<,3>脅迫下檉柳基因的表達(dá).cDNA初始文庫滴度為1.2×10<'6>pfu/mL,藍(lán)白斑檢驗(yàn)結(jié)果表明,文庫重組率為96﹪,PCR檢測表明插入片段的平均長度1 2

2、00bp左右.隨機(jī)挑選文庫中的克隆進(jìn)行測序.將獲得序列去除5′端載體序列、文庫接頭序列和poly(A)序列.共獲得2328條讀序較好的序列.以獲得的2 328條序列建立該地核酸數(shù)據(jù)庫.該地BLAST獲得642個(gè)與其它序列無同源區(qū)的序列,其余的1 686條序列依照同源性聚為281個(gè)序列集,對(duì)每個(gè)序列集通過序列聯(lián)配獲得359個(gè)contig.用于網(wǎng)上進(jìn)行BLAST分析的獨(dú)立序列共有1001個(gè).文庫的冗余度為57﹪.1001個(gè)序列的BLASTX

3、分析表明,有428個(gè)與已知功能的基因序列相似,234個(gè)與未知功能的基因相似,339個(gè)未能發(fā)現(xiàn)相似序列.將428個(gè)代表獨(dú)立已知功能基因的EST,按功能分為11個(gè)類,其中防御基因、新陳代謝和蛋白合成及分揀的表達(dá)豐度最高,分別為25.26﹪、20.65﹪和15.37﹪.對(duì)與耐鹽有關(guān)基因EST分析結(jié)果表明,信號(hào)元件、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、應(yīng)激蛋白和活性氧清除劑所包含的表達(dá)的基因比較多,這些基因的表達(dá)豐度也較高,分別為4.1﹪、1.9﹪、3.3﹪和0.9﹪,