植物基因調(diào)控序列及其轉(zhuǎn)錄起始頻率分析.pdf

1、1)水稻與擬南芥基因調(diào)控序列比較研究為了研究秈粳亞種基因調(diào)控序列的總體特性,我們利用秈粳稻以及擬南芥基因組和全長mRNA序列獲取了大量高可信度的調(diào)控序列,通過這些序列,分析了水稻基因調(diào)控序列順式作用元件(信號)的數(shù)量、分布以及與GC含量的關(guān)系等.研究結(jié)果表明:一些信號在水稻基因調(diào)控序列中發(fā)生顯著的數(shù)量變化,同時一些信號數(shù)量在水稻與擬南芥基因間存在明顯差異,這說明這兩個單雙子葉植物間信號的使用上存在偏好,同時水稻不同類型基因以及特有與非特

2、有基因間在信號的使用上也存在差異.這些差異信號的分布直接導致了調(diào)控序列GC含量的波動.結(jié)果顯示沒有發(fā)現(xiàn)水稻秈粳兩個亞種間在調(diào)控序列方面(順式調(diào)節(jié)因子和GC含量等)存在明顯差異.2)植物基因組轉(zhuǎn)錄起始位點研究我們利用UniGene數(shù)據(jù)庫"轉(zhuǎn)錄本"序列數(shù)據(jù),通過生物信息學方法,對已有全長mRNA序列數(shù)據(jù)的基因進行其轉(zhuǎn)錄本5'端序列的比對,獲得該基因編碼區(qū)前所有轉(zhuǎn)錄本的啟始位點信息.通過7種植物17437個基因的分析表明,植物基因平均在171