內(nèi)蒙古絨山羊角蛋白5(K5)基因啟動(dòng)子多態(tài)性及其與絨毛性狀相關(guān)性.pdf

1、本研究以內(nèi)蒙古絨山羊150只個(gè)體為材料，利用DNA測(cè)序和序列分析、生物信息學(xué)分析、SSCP技術(shù)，克隆和分析絨山羊K5基因啟動(dòng)子區(qū)，并研究了K5基因啟動(dòng)子的多態(tài)性。通過生物統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件的應(yīng)用，對(duì)一些絨毛性狀指標(biāo)進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析，這些指標(biāo)包括產(chǎn)絨量、毛長(zhǎng)、毛細(xì)度、絨長(zhǎng)、絨細(xì)度和絨厚度。對(duì)檢測(cè)的3個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行了頻率、平衡性、遺傳多態(tài)性及其絨毛性狀的相關(guān)性進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。
　　試驗(yàn)一：參考牛K5啟動(dòng)子序列設(shè)計(jì)6對(duì)引物克隆絨山羊K5啟動(dòng)子區(qū)4

2、671bp，并以20只絨山羊的混合DNA作為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR產(chǎn)物回收純化后進(jìn)行雙向測(cè)序發(fā)現(xiàn)有三個(gè)多態(tài)位點(diǎn)，分別位于ATG-697bp，-2576bp和-2770bp處。分析絨山羊K5基因啟動(dòng)子的結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)絨山羊K5基因啟動(dòng)子ATG－101 bp位置是轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)；兩個(gè)TATA盒分別位于ATG-129—-124 bp和-178—-174 bp位置；通過在線軟件預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)(按5′→3′)有24種轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。其中，轉(zhuǎn)錄因子Lyf

3、-1和CDP CR是絨山羊特有的；轉(zhuǎn)錄因子HNF-4，AML-1a，HSF2，AP-4，AP2，SP1，Nkx-2和GATA-1在絨山羊、牛和人K5啟動(dòng)子上的結(jié)合位點(diǎn)高度保守。另外，絨山羊和牛兩個(gè)最小增強(qiáng)子的位點(diǎn)在相同位置，分別位于ATG-138—-89 bp和-114—-65 bp位置，含有26 bp重疊區(qū)。發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)后再一次進(jìn)行序列分析發(fā)現(xiàn)在ATG-697bp處G→A突變后預(yù)測(cè)出轉(zhuǎn)錄因子HSF2結(jié)合位點(diǎn)，-2576bp處C→A突變

4、導(dǎo)致GATA-3轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的出現(xiàn)，－2770bp處突變沒有預(yù)測(cè)出任何轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。
　　試驗(yàn)二：以150只內(nèi)蒙古絨山羊?yàn)檠芯繉?duì)象，對(duì)K5基因啟動(dòng)子采用SSCP方法進(jìn)行多態(tài)型檢測(cè)。結(jié)果表明：(1)K5啟動(dòng)子P1引物(-697bp處)沒有出現(xiàn)多態(tài)。P2引物擴(kuò)增片段中存在－2509(G/A)和－2576(C/A)2個(gè)SNP位點(diǎn)，表現(xiàn)為AA、BB、CC、AB、AC、BC和CD7種基因型，其基因型頻率分別為49.3％、1.3%、5

5、.3%、19.3%、15.3%、7.3%和1.3%。經(jīng)χ2檢驗(yàn)后，該等位基因頻率不處于哈迪溫伯格平衡(P<0.05)，多態(tài)信息含量(PIC)為0.5039，屬與高度多態(tài)(PIC>0.5)。(2)1個(gè) SNP多態(tài)位點(diǎn)在 P3引物擴(kuò)增片斷中，位置在在ATG上游－2770(G/A)，表現(xiàn)為AA、AG、和GG3種基因型，其基因型頻率大小為：AA>AG>GG。經(jīng)χ2檢驗(yàn)后，內(nèi)蒙古絨山羊群體在該位點(diǎn)未達(dá)到哈迪溫伯格平衡態(tài)(P<0.05)，多態(tài)信息含

6、量(PIC)為0.3333,屬與中度多態(tài)(0.250.05)。(2)P3引物之間的3種基因型(AA、AG和GG)多態(tài)性，對(duì)絨毛性狀都沒有顯著的影響(P>0.05)。因此K5基因啟動(dòng)子－2509(G/A)和－2576(C/A)2個(gè)SN