MICA基因3’非翻譯區(qū)和5’啟動(dòng)子多態(tài)性及單倍型研究.pdf

1、在本研究中，我們采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)-測(cè)序技術(shù)(PCR-SBT)對(duì)104名無(wú)血緣關(guān)系的北方內(nèi)蒙古地區(qū)漢族健康個(gè)體MHCⅠ類(lèi)鏈相關(guān)基因A(MHC classⅠ chain-related geneA，MICA)的3'非翻譯區(qū)(3'-untranslated region，3'UTR)和5'啟動(dòng)子區(qū)(5'promoter region)的DNA多態(tài)性和單倍型多樣性進(jìn)行了分析。
　　在MICA3'UTR，該人群共檢測(cè)出9個(gè)單核苷酸多態(tài)性(

2、singlenucleotide polymorphism，SNP)位點(diǎn)，其位點(diǎn)間呈現(xiàn)出非常強(qiáng)的連鎖不平衡;多態(tài)性位點(diǎn)組合為7種等位基因，頻率范圍為0.0048-0.6971，其中以UTR1最為常見(jiàn)(0.6971)，其次為UTR2(0.2356); UTR等位基因與MICA基因編碼區(qū)（2-5外顯子）共組成21種擴(kuò)展單倍型;系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析顯示MICA基因包括2個(gè)基本譜系，UTR1、UTR2分別與其中的一個(gè)譜系連鎖，其中，UTR2與MICA

3、*002:01、*007:01、*017、*045、*059連鎖;UTR2與6種microRNA包括hsa-miR-636、hsa-miR-520f、 hsa-miR-4496、hsa-miR-873、hsa-miR-105、 hsa-miR-183在種子序列區(qū)域存在錯(cuò)配。MICA基因3'UTR Ewens-watterson純合度檢驗(yàn)符合中性選擇。
　　在MICA5'啟動(dòng)子區(qū)，共檢測(cè)到12個(gè)變異位點(diǎn)，包括11個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)

4、(SNP)和1個(gè)缺失/插入（insertion/deletion，Indel）多態(tài)性位點(diǎn)，各變異位點(diǎn)間呈現(xiàn)非常強(qiáng)的連鎖不平衡。同時(shí)在此區(qū)域共發(fā)現(xiàn)12種MICA5'啟動(dòng)子等位基因，其中promoter-7最為常見(jiàn)(頻率為0.5529)。MICA5'啟動(dòng)子與編碼區(qū)（2-5外顯子）組成26種擴(kuò)展單倍型，其中9種存在顯著的連鎖不平衡（linkage disequilibrium，LD）。根據(jù)此人群MICA編碼區(qū)和5'啟動(dòng)子區(qū)的系統(tǒng)進(jìn)化分析顯示，

5、MICA基因包括兩個(gè)基本譜系，每個(gè)譜系具有多個(gè)子譜系，其中MICA*008:01進(jìn)一步區(qū)分為4個(gè)分支。MICA5'啟動(dòng)子區(qū)域Ewens-watterson純合度檢驗(yàn)符合中性選擇。在最小的啟動(dòng)子中發(fā)現(xiàn)5個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)，但均不位于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域內(nèi)。
　　我們的研究首次在群體水平提供了MICA基因3'非翻譯區(qū)(3'-untranslated region，3'UTR)和5'啟動(dòng)子區(qū)(5'promoter region)DNA序列遺傳多態(tài)