擬南芥種子發(fā)育過程小RNA深度測(cè)序數(shù)據(jù)的分析.pdf

1、小分子非編碼RNA,包括microRNA(miRNA)和siRNA,在植物的轉(zhuǎn)錄后水平上起著重要的調(diào)控作用。利用深度測(cè)序技術(shù)檢測(cè)模式植物中重要的小RNA,分析它們的表達(dá)模式和功能,是當(dāng)前發(fā)現(xiàn)和研究植物小RNA的一條重要途徑。
　　 為了探究小RNA,(特別是miRNA)在擬南芥種子發(fā)育中所起到的作用,本研究對(duì)擬南芥種子三個(gè)發(fā)育時(shí)期(9 DAP,12 DAP,15 DAP)的小RNA深度測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,主要結(jié)果如下:<

2、br>　　 (1)三個(gè)種子發(fā)育時(shí)期的樣品經(jīng)SOLiD測(cè)序共獲得8,630,738條能完全定位到擬南芥基因組上的小RNA序列,其中2,799,643條為唯一序列,表明擬南芥種子發(fā)育過程中存在復(fù)雜的小RNA群體。
　　 (2)對(duì)小RNA的長(zhǎng)度及種類進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)24 nt長(zhǎng)度的小RNA的數(shù)量最多,其中已知的miRNA基因的讀段數(shù)占到了總序列數(shù)的28.66％,表明有許多的已知miRNA在種子發(fā)育過程中表達(dá)。
　　 (3)對(duì)已

3、知的擬南芥miRNA進(jìn)行鑒定,共發(fā)現(xiàn)了115個(gè)miRNA,它們屬于157個(gè)不同的miRNA基因,并且鑒定到103個(gè)miRNA*。
　　 (4)用生物信息學(xué)方法共預(yù)測(cè)到88個(gè)新的miRNA和40個(gè)miRNA*以及187個(gè)可能的靶基因。
　　 (5)對(duì)三個(gè)種子發(fā)育時(shí)期的樣本進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn),發(fā)現(xiàn)45個(gè)miRNA基因存在差異表達(dá),其中35個(gè)屬于保守的miRNA家族,暗示這些保守的miRNA基因在擬南芥種子發(fā)育過程中起到了重要的調(diào)控