水稻蛋白相互作用網(wǎng)絡預測及數(shù)據(jù)庫的構建.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、蛋白質相互作用網(wǎng)絡是闡釋生物體生命活動的重要途徑之一，酵母、果蠅、線蟲以及人類蛋白的大規(guī)模相互作用圖譜已相繼完成。水稻（Oryza sativa）是重要的農(nóng)作物，也是單子葉植物發(fā)育研究的模式生物。但是，現(xiàn)今水稻蛋白質相互作用數(shù)據(jù)仍然很少，預測和構建水稻蛋白質互作數(shù)據(jù)庫意義深遠。
　　 通過整合BioGrid、DIP、MINT、IntAct、CYGD、BIND和TAIR七個蛋白質相互作用公共數(shù)據(jù)庫中酵母、線蟲、果蠅、大腸桿菌（K1

2、2菌株）、擬南芥這五種模式生物和人類的蛋白質互作數(shù)據(jù)，我們構建了五種模式物種和人類至今為止比較完整的蛋白質相互作用數(shù)據(jù)集，包括48152個蛋白質，共533927條相互作用。并通過InParanoid提供的水稻與這六種生物的蛋白質同源數(shù)據(jù)，以同源映射的方法，預測了水稻蛋白質相互作用網(wǎng)絡，包含5049個水稻蛋白，共76585條無冗余的水稻蛋白質相互作用。
　　 使用Struts+Spring+iBATIS開源框架搭建了水稻蛋白質相互

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