高、低產(chǎn)蛋量京海黃雞卵巢組織轉(zhuǎn)錄組學分析.pdf

1、京海黃雞是以中國地方黃雞資源為育種素材，經(jīng)過十多年精細化常規(guī)育種與分子標記輔助育種相結合，培育而成的我國首個通過國家畜禽遺傳資源委員會審定的肉雞新品種。本研究以300日齡高產(chǎn)和低產(chǎn)蛋量京海黃雞為研究對象，屠宰后立即取其卵巢組織，提取總RNA，構建cDNA文庫后利用Illumina HiSeq2500平臺進行轉(zhuǎn)錄組測序。對測序結果進行生物信息學分析，發(fā)掘新基因;對已知基因進行結構延伸;運用實時熒光定量PCR技術對隨機篩選出的12差異基因的

2、表達量進行驗證。通過基因表達量差異分析，篩選與繁殖性狀相關差異表達基因，并對其進行功能注釋以及通路分析;主要研究結果如下:
　　(1)利用HiSeq2500進行高通量測序，測序讀長為雙端125bp。共得到484992074條有效數(shù)據(jù)(Clean Reads)，總計61.09 Gb。篩選出1445264個SNP位點。8個樣品中平均新預測的可變剪接12883個，并對7481個基因進行了結構完善。與所選的參考基因組序列對比，共發(fā)掘443

3、1個新基因。通過與各數(shù)據(jù)庫進行序列對比，1809個新基因得到功能注釋，其中1795(99.2％)個新基因與數(shù)據(jù)庫中匹配到的序列具有顯著的相似性。新基因GO分析顯示，89個新基因參與繁殖相關生物學過程，占總數(shù)的2.0％。KEGG分析顯示，新基因參與最多的五個通路分別為內(nèi)吞(Endocytosis)、絲裂原活化蛋白激酶信號通路(MAPK signaling pathway)、泛素介導蛋白降解(Ubiquitin mediated prote

4、olysis)、RNA轉(zhuǎn)運(RNA transport)以及肌動蛋白細胞骨架調(diào)控(Regulation of actin cytoskeleton)。
　　(2)高產(chǎn)組與低產(chǎn)組相對比，共篩選出86個差異表達基因，其中45個為新基因。高產(chǎn)組相對于低產(chǎn)組共有48個上調(diào)基因，38個下調(diào)基因。GO分析結果顯示，在生物學過程中，18個基因與繁殖條目相關，包括5個已知基因，分別為透明帶糖蛋白2基因(Zonapellucida glycopro

5、tein2，ZP2)、多巴胺β-羥化酶基因（Dopamine beta-hydroxylase，DBH）、囊性纖維化跨膜傳導調(diào)節(jié)蛋白基因(Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator，CFTR)、中心體蛋白57kDa-like1基因(Centrosomal protein57kDa-like1，CEP57L1)和染色體排列維持磷蛋白基因(Chromosome alignment

6、maintaining phosphoprotein1，CHAMP1)，已有研究表明其中的透明帶糖蛋白2基因與繁殖性狀密切相關。KEGG分析顯示，細胞因子-細胞因子受體相互作用通路是最顯著的通路，3個差異表達基因參與這一通路，分別為白介素22受體亞基α2，（Interleukin22 receptor subunit alpha2，IL22RA2）、白介素8(Interleukin8，IL8)和抗穆勒氏荷爾蒙(Anti-Mulleria