濕地松ESt-SSR引物開發(fā)及其親緣關(guān)系的研究.pdf

1、濕地松(Pinus elliottii)松脂產(chǎn)量高，品質(zhì)優(yōu)，材性好，具有很高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。為了更好了解美國(guó)引進(jìn)的111個(gè)高產(chǎn)脂濕地松家系遺傳背景，本文擬采用方便且多態(tài)性高的SSR標(biāo)記，從DNA水平上研究分別種植在景德鎮(zhèn)楓樹山林場(chǎng)和吉安市白云山林場(chǎng)的111個(gè)高產(chǎn)脂濕地松家系親緣關(guān)系。本研究利用松屬EST數(shù)據(jù)庫(kù)，開發(fā)濕地松的SSR引物，篩選出多態(tài)性好、重復(fù)率高的引物，分析SSR位點(diǎn)分布特征和SSR重復(fù)基元的特征，采用Popgene軟件分析SS

2、R位點(diǎn)的多態(tài)性，NTYS軟件對(duì)111個(gè)濕地松樣本進(jìn)行聚類分析。研究結(jié)果如下:
　　(1)利用MISA共檢測(cè)到7542個(gè)SSR位點(diǎn)，分布頻率為6.25％。共得到6482條含SSR的序列，發(fā)生頻率為5.37％。結(jié)果表明濕地松SSR重復(fù)類型豐富，其中1、2、3核苷酸重復(fù)數(shù)最多，占全部SSR位點(diǎn)的97.24％。其中單核苷酸重復(fù)占總數(shù)的50.85％，二核苷酸重復(fù)占16.47％，三核苷酸重復(fù)占29.93％，四、五、六核苷酸含量較少。濕地松SS

3、R各基元重復(fù)長(zhǎng)度在10-195bp范圍內(nèi)，其中10-13bp最多，占總數(shù)的42.51％，14-17bp的重復(fù)序列分布頻率為27.58％，19-21bp的重復(fù)序列分布頻率為14.26％，22-195bp的重復(fù)序列分布頻率為15.65％。重復(fù)基元類型共96種。其中A/T分布頻率為46.95％，C/G分布頻率為3.9％，AT/AT分布頻率為9.76％，AG/CT分布頻率為4.4％，AC/GT分布頻率為2.16％，CG/CG分布頻率為0.15％

4、，AGC/CTG分布頻率為6.36％，ACT/AGT分布頻率為0.46％。
　　(2)利用松屬植物的EST數(shù)據(jù)庫(kù)，開發(fā)用于濕地松研究的SSR標(biāo)記，設(shè)計(jì)了256對(duì)引物，在256對(duì)引物中有65對(duì)引物有擴(kuò)增產(chǎn)物，擴(kuò)增效率25.39％;經(jīng)過(guò)8％聚丙烯酰氨凝膠電泳復(fù)篩，共篩選出有多態(tài)性的引物39對(duì)，多態(tài)率為15.23％，作為后期研究濕地松群體遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)的EST-SSR分子標(biāo)記。
　　(3)從39對(duì)引物中挑選出適用于111個(gè)濕

5、地松大樣本的譜帶清晰、多態(tài)性好、重復(fù)性好的7對(duì)引物。采用Popgenge軟件分析發(fā)現(xiàn)7對(duì)SSR引物的多態(tài)性位點(diǎn)7個(gè)，多態(tài)性為100％。7個(gè)SSR位點(diǎn)在111個(gè)濕地松樣本中共檢測(cè)到21個(gè)等位基因(na)，平均每個(gè)位點(diǎn)擴(kuò)增出3個(gè)等位基因;擴(kuò)增出12.89個(gè)有效等位基因(ne)，其中1-5872位點(diǎn)的有效等位基因數(shù)最多，為2.74，而4-3919位點(diǎn)最少為1.20個(gè)，平均每個(gè)位點(diǎn)的有效等位基因數(shù)為1.84。1-5872位點(diǎn)的Shannon多樣

6、性指數(shù)(Ⅰ)最高，為1.05，而4-3919位點(diǎn)最低，為0.332，平均每位點(diǎn)Ⅰ值為0.73。1-5872位點(diǎn)的期望雜合度(He)最高，為0.64，而4-3919位點(diǎn)最低，為0.17，平均每個(gè)位點(diǎn)的He為0.43。1-5872位點(diǎn)的觀察雜合度(Ho)最高，為0.67，而位點(diǎn)4-3919最低，0.02，平均每個(gè)位點(diǎn)的Ho為0.40。濕地松Nei's多樣性指數(shù)(Nei's)在0.349～0.6349之間，平均為0.42，1-5872的Nei

7、's最高為0.63，最低的為4-3919，僅為0.17。
　　(4)研究發(fā)現(xiàn)景德鎮(zhèn)54號(hào)和106號(hào)樣本和其他樣本親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。在遺傳相似系數(shù)為0.62處111個(gè)樣本聚為七類。編號(hào)景德鎮(zhèn)16和吉安43、12號(hào)聚為一類;景德鎮(zhèn)11、31和吉安65、72、103、107聚為一類;景德鎮(zhèn)105、19、71、62、47、58、76、97號(hào)和吉安100號(hào)聚為一類;吉安110、89、69、42、20聚為一類;景德鎮(zhèn)54號(hào)樣本聚為一類;景德鎮(zhèn)10