基因間序列中8-mers特征研究.pdf

1、已知在某些高等真核生物的基因間序列中，8-mers的頻數(shù)呈現(xiàn)出多峰分布，而低等真核生物卻是單峰分布。對8個物種全基因組的基因間序列，我們分析了8-mer分布以及在不同峰中的8-mers模體特征。發(fā)現(xiàn)人類、豬、馬和老鼠呈現(xiàn)3峰分布。峰1和峰2分布中的模體頻數(shù)遠離隨機分布，而峰3分布中的模體頻數(shù)處在隨機分布區(qū)域。酵母、線蟲、蚊子和雄蜂是單峰分布。根據(jù)8-mers中包含CG的個數(shù)不同，我們將其分為CG0、CG1和CG'2（包含2個及2個以上C

2、G）三類。發(fā)現(xiàn)在這四種高等真核生物中，3個峰分布的8-mers能明顯的區(qū)分開，CG'2模體全部位于峰1分布中;CG1模體全部位于峰2分布中;CG0模體全部位于峰3分布中。但是，當按照其余15種二核苷模體將8-mers模體進行分類后，3峰分布并不能被區(qū)分。四種低等高等生物的8-mer分布同樣能夠按照CG0、CG1和CG'2加以嚴格區(qū)分。我們認為單峰和多峰分布僅僅是由于基因間序列的進化引起的，包含CG的8-mers模體數(shù)目進化相對保守，而不

3、包含CG的8-mers模體數(shù)目在高等真核生物進化中增加顯著，從而造成了三類模體分布的分離。可見包含CG的8-mers肯定具有生物學功能。我們小組認為包含CG的8-mers與核小體定位有密切聯(lián)系。我們認為包含CG的8-mers還應(yīng)當參與基岡間序列中非編碼基因轉(zhuǎn)錄過程，因為CG二核苷與CpG島密切相關(guān)。
　　在由CG0、CG1和CG'2定義的三類模體中，計算了16種二核苷酸出現(xiàn)的相對頻數(shù)（RF)值。從低等生物到高等生物，RF值減小幅度