基于靶酶結(jié)構(gòu)的新型抑制劑先導(dǎo)化合物的合理設(shè)計(jì)與篩選研究.pdf

1、華中師范大學(xué)博士學(xué)位論文基于靶酶結(jié)構(gòu)的新型抑制劑先導(dǎo)化合物的合理設(shè)計(jì)與篩選研究姓名：張青葉申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：有機(jī)化學(xué)指導(dǎo)教師：萬(wàn)堅(jiān)20080501⑨博士學(xué)位論文DOCTORALDISSERl7JIoN活性空腔進(jìn)行基于受體結(jié)構(gòu)的虛擬篩選研究，并將FMO計(jì)算作為虛擬篩選的一個(gè)評(píng)價(jià)模型，最終確定30個(gè)候選化合物進(jìn)行下一步的活性測(cè)試研究。生物活性測(cè)試實(shí)驗(yàn)方面，首先從肺炎鏈球菌中提取HMGR基岡進(jìn)行克隆、表達(dá)和功能研究；利用紫外吸收分光光度

2、法，通過(guò)檢測(cè)反應(yīng)物NADPH在340舯處的吸收峰的變化來(lái)反應(yīng)底物消耗的原理建立了離體酶水平的生物活性測(cè)試方法，對(duì)理論計(jì)算中篩選的化合物進(jìn)行酶體水平的活性測(cè)試，初步實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示通過(guò)理論與實(shí)驗(yàn)相結(jié)合的篩選，獲得了一個(gè)比已知的lovasta_tin抑制劑對(duì)sPHMGR抑制活性更高的、結(jié)構(gòu)新穎的苗頭化合物，此化合物可以作為先導(dǎo)化合物進(jìn)行進(jìn)一步的優(yōu)化設(shè)計(jì)研究。第四章，分別以稻瘟菌的羊毛甾醇14弘脫甲基化酶(MGCYP51)、柑桔綠霉菌的羊毛甾醇1

3、4脫甲基化酶(PDCYP51)為研究對(duì)象，根據(jù)P450家族酶系蛋白氨基酸一級(jí)序列同源性不高、空間二維、三維結(jié)構(gòu)性質(zhì)較保守的特點(diǎn)，利用CPHmodels方法分別構(gòu)建出了較可靠的MGCYP5l、PD—cYP51的空間三維結(jié)構(gòu)模型，再根據(jù)蛋白活性空腔的疏水性較強(qiáng)的特性，采用與之相對(duì)應(yīng)的組合對(duì)接和打分程序方法(FlexPha珊／PMF／GOLD，F(xiàn)1e)【)i卯MF／GOLD)，以及已有抑制劑的作用機(jī)制信息，針對(duì)兩個(gè)體系我們分別篩選出19和27

4、個(gè)候選抑制劑苗頭化合物。根據(jù)各自的酶體和菌體水平的活性測(cè)試結(jié)果顯示，候選苗頭化合物中有多個(gè)化合物都具有很好的抑制活性，可以作為很好的先導(dǎo)化合物來(lái)進(jìn)一步研究。整個(gè)研究結(jié)果顯示：通過(guò)上述的同源模建、分子對(duì)接、虛擬篩選的整套計(jì)算流程能夠以較高命中率篩選出較好的苗頭化合物，說(shuō)明了整個(gè)計(jì)算流程的可靠性和準(zhǔn)確性。關(guān)鍵詞：3羥基一3甲基戊二酰輔酶A還原酶(HMGcoA)；羊毛甾醇14葉脫甲基化酶(cYP51)；分子模擬；基因克隆、表達(dá)；生物活性測(cè)試n