內(nèi)蒙古鼠疫耶爾森菌遺傳特征分析.pdf

1、目的：對內(nèi)蒙古鼠疫菌進行差異區(qū)段（DFR）、間區(qū)規(guī)律短回文重復(fù)（CRISPR）及多位點可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析（MLVA）三種分子分型研究。建立內(nèi)蒙古鼠疫菌分子遺傳特征數(shù)據(jù)庫，分析內(nèi)蒙古鼠疫菌的流行規(guī)律，開展近年來內(nèi)蒙古鼠疫溯源研究。
　　方法：對分離自1950年~2015年內(nèi)蒙古三大鼠疫疫源地的374株鼠疫菌代表株(分布于34個疫源縣)提取核酸，采用三種分子分型方法：DFR、CRISPR以及MLVA分析其遺傳特征。DFR根據(jù)電泳

2、結(jié)果是否出現(xiàn)條帶記錄實驗結(jié)果，CRISPR和MLVA將PCR產(chǎn)物送公司分別測序和毛細管電泳，將結(jié)果整理成Excel表格，用Bionumerics軟件繪制聚類圖。
　　結(jié)果：三種分型方法中，DFR、CRISPR和MLVA(14)方法用來描述鼠疫菌種群和進化關(guān)系，MLVA14+12用于鼠疫暴發(fā)時菌株的溯源。
　　DFR結(jié)果：1）374株內(nèi)蒙古鼠疫菌被分為14個型，Genomovar11型158株，Genomovar10型54株、

3、Genomovar14型52株、Genomovar17型64株、Genomovar19型14株、Genomovar20型18株、Genomovar21型1株、Genomovar28型2株、Genomovar38型4株。新發(fā)現(xiàn)Genomovar-nm11株、Genomovar-nm22株、Genomovar-nm31株、Genomovar-nm41株、Genomovar-nm52株。2014年菌株主要以Genomovar17基因型為主，其

4、次是Genomovar20和Genomovar38。2015年以Genomovar17基因型為主，其次是Genomovar20。2）長爪沙鼠疫源地以Genomovar11為主，達烏爾黃鼠疫源地松遼平原區(qū)以Genomovar10為主，布氏田鼠疫源地以Genomovar14為主，以上結(jié)果與文獻記錄相同。達烏爾黃鼠疫源地察哈爾丘陵區(qū)以Genomovar11型為主。3）內(nèi)蒙古第一次大流行以G10基因型為主，第二次和第三次以G11基因型為主，第四

5、次以G17基因型為主。
　　CRISPR結(jié)果：1）374株內(nèi)蒙古鼠疫菌被分為31種CRISPR型，除已發(fā)現(xiàn)的三種基因簇Cb2、Cb4、Ca8，Cnm1-Cnm18為新發(fā)現(xiàn)的內(nèi)蒙古鼠疫菌CRISPR基因型。2）長爪沙鼠疫源地烏蘭察布高原區(qū)以Cb2-a3為主，鄂爾多斯高原區(qū)以Cb2-a56為主，達烏爾黃鼠疫源地松遼平原區(qū)以Cb4-a3為主，達烏爾黃鼠疫源地察哈爾丘陵區(qū)以Cb2-a3為主。布氏田鼠疫源地主要基因型Cnm15與文獻記錄的布

6、氏田鼠疫源地主要基因型Cc1相比在YPa位點的a6間隔序列差2個堿基。2014年菌株以Cb2’-a56為主，其次是Cb2-a3。2015年以Cb2’-a56為主，其次是Cb2-a56、Cb2-a3。3）內(nèi)蒙古第一次大流行以Cb4-a3為主，第二次和第三次以Cb2-a3為主，第四次以Cb2’-a56為主。
　　MLVA結(jié)果：1）374株菌在MLVA14指標(biāo)下可以分為156種基因型,依次命名為NM1~NM156，其中達烏爾黃鼠疫源地松

7、遼平原區(qū)以NM70為主，察哈爾丘陵區(qū)以NM33為主，長爪沙鼠疫源地烏蘭察布高原區(qū)以NM21為主，鄂爾多斯高原區(qū)以NM22為主，布氏田鼠疫源地以NM134為主。2014年菌株屬于NM22、NM36、NM37型，2015年菌株屬于NM22、NM37型。2）第一次大流行12株菌形成12種基因型，第二次和第三次均以NM134（主要存在于布氏田鼠疫源地)菌株數(shù)最多，第四次以NM22為主，主要存在于鄂爾多斯高原區(qū)。3）MLVA14+12即共26個指

8、標(biāo)將374株菌分為311種基因型。2014年18株菌分成7種基因型，2015年17株菌分成6種基因型。
　　結(jié)論：1）內(nèi)蒙古鼠疫菌從種群分型的角度分析具有地理分布差異，在建國后發(fā)生的四次動物鼠疫大流行過程中，鼠疫菌的遺傳特征具有交叉繼起的特點。上世紀(jì)內(nèi)蒙古出現(xiàn)的三次鼠疫大流行，后一次流行是上一次流行的延續(xù)而且伴隨著基因型的增加。本世紀(jì)出現(xiàn)的動物鼠疫流行與前三次不同。2）2015年動物鼠疫流行源于2014年，但2015年所分離的鼠疫